恐惧
蝇王恐惧既是男孩们争论中反复出现的主题，也是持续改变他们社会的一股压力。它最初表现为一头看不见的野兽，由年幼的男孩们报告，并受到年长男孩们质疑。然而，男孩们越是试图否认或控制这种恐惧，它就越发暴露出他们共同遵守的规则有何局限——也揭示出危险可能就在他们中间。
最初的报告与日益加深的不安
恐惧始于一个小男孩，他那桑葚色的胎记使他在集会上格外显眼。他太过激动，无法亲自开口，于是猪崽子代他讲述——一只像蛇一样的巨大生物在黑暗中出现，消失后又再次出现，似乎想吃掉他。男孩说，到了早晨，那生物变成了树上像绳索一样的藤蔓。拉尔夫回答说，这么大的荒岛上不可能有这种野兽，并猜想孩子是在做梦。起初，笑声让这番报告显得很容易被一笑置之；但当孩子坚持说那生物当晚可能还会回来时，笑声便消失了。解释并未消除不确定性。
后来，拉尔夫和杰克意识到，年幼的男孩们会在睡梦中说话和尖叫。西蒙将这些夜间的哭喊与他们对野兽的恐惧联系起来，并指出荒岛已不再让人觉得安全。杰克曾把年幼的男孩们斥为愚蠢，此时却承认，独自在森林里打猎时，有时会觉得有什么东西在跟着自己。他很快又坚称那里什么也没有，但他的讲述赋予恐惧一种超越孩子们报告的存在——即使猎手不相信野兽，也会觉得自己受到窥视。他的承认也使勇敢的猎手与受惊的小孩们之间的区分变得复杂。年长的男孩们并未完全置身于他们所嘲笑的恐惧之外。
争论、解释与悬而未决的野兽
在一次集会上，拉尔夫试图把恐惧变成一个男孩们能够讨论并解决的问题。他承认自己有时也会害怕，但称这种恐惧毫无道理，并要求大家认定恐惧并无实质。杰克的态度更强硬——年幼的男孩们都是爱哭鬼，恐惧只能忍受，而且荒岛上没有危险的动物。猪崽子也同意森林里没有野兽，并根据自己对动物、医生和科学的了解进行推理。但在一个关键之处，他的确信动摇了——他承认男孩们可能会害怕人。
其他人的讲述让人更难确信。菲尔描述了一个噩梦——他在树间与扭动的东西搏斗；随后他说自己在黑暗中独自醒来，看见有个庞然大物在树丛间移动。拉尔夫说那是梦游，但这个孩子区分了梦境与他声称醒来后看到的东西。莫里斯转述了父亲的说法——海里可能有男孩们尚未发现的生物。这些报告并不能证明野兽确实存在；它们说明了男孩们为何无法让自己的解释成为定论。森林、海洋和黑暗都超出了孩子们的认知，而想象中仍可能存在看不见的威胁。
西蒙向集会提出了一个更令人不安的可能性——野兽或许不是他们之外的生物，而是与男孩们自身有关的某种东西。他无法把这个想法完整表达出来。其他人哄笑起来，他的尝试在众人的嘲弄下失败了。这一幕让问题仍然悬而未决，同时揭示出群体很难考虑一种会牵涉自身成员的解释。猪崽子先前提出的保留意见——人本身也可能变得令人害怕——丝毫没能平息这场集会。
恐惧与秩序的瓦解
围绕恐惧的争论变成了围绕权威的争论。拉尔夫试图守住岛上的求救信号火和让男孩们共同行动的规则；杰克则坚持，如果野兽存在，猎手就会追捕并杀死它。杰克拒绝遵守规则，并号召男孩们去打猎后，集会便在叫喊、模拟狩猎和齐声呼喊中散了场。拉尔夫犹豫着要不要吹响象征秩序的白色海螺壳把他们叫回来。他担心他们不会回来——而且，如果没有他们的合作，信号火就会熄灭，获救的可能性也会降低。猪崽子提出了相反的担忧——如果拉尔夫不采取行动，男孩们无论如何都会变得像野兽。他们的交锋表明，恐惧同时朝两个方向发挥作用——它既威胁群体的实际生存，也证明群体正在道德上瓦解。
恐惧也使杰克对拉尔夫的挑战更具力量。在之后的一次集会上，杰克把野兽说成猎手，并指责拉尔夫因为曾逃离野兽而胆怯。他试图把男孩们的焦虑转化为对谁更有资格领导的评判。当没有人举手反对拉尔夫时，杰克离开集会，带着其他人去打猎。恐惧并非分裂的唯一原因，但这一事件表明，共同的不确定感如何被利用，转化为争夺效忠与权威的工具。
从想象中的威胁到人类造成的危险
分裂之后，恐惧与敌对群体给予保护的承诺交织在一起。杰克向新加入的追随者许诺食物、乐趣，以及会保护他们免受野兽伤害的猎手。在城堡岩，拉尔夫主张维持信号火是男孩们获救的希望，但涂着脸的那群人的回应却是嘲笑和暴力——杰克一声令下，萨姆和埃里克便被抓住捆了起来。这一幕让猪崽子先前对人的不安有了具体形态。无论男孩们相信野兽与否，他们此时都在面对彼此蓄意施加的恐吓。
猪崽子死后，象征秩序的白色海螺壳也被毁，杰克命令萨姆和埃里克加入他的部族，并在萨姆反抗时用长矛戳他。罗杰带着不容置疑的威势逼近受惊的双胞胎。男孩们采用了更暴力的秩序，并不意味着恐惧就此消失；此时，恐惧伴随着胁迫与服从。恐惧从一个孩子不确定的目击报告，发展到男孩们彼此发出威胁，这一进程清楚地揭示了主题的核心逆转——男孩们在黑暗中搜寻外部怪物的同时，他们日益瓦解的克制使人类造成的危险变得越来越迫近。
