故事初期，七月三十一日
哈利在女贞路的生日
十三岁的哈利·波特在女贞路4号度过生日之夜，他躲在毯子下偷偷做作业。他收到了来自朋友罗恩·韦斯莱和赫敏·格兰杰以及海格送来的第一张生日贺卡和礼物，海格还送来了一本会咬人的书。霍格沃茨的来信中附有一张霍格莫德访问许可表，哈利知道他的姨父和姨妈绝不会签字。这一事件展现了哈利艰难的家庭生活以及他对魔法世界的渴望。
故事初期，哈利生日后一周
玛姬姑妈来访
弗农姨父的姐姐玛姬姑妈来访，将住一周。她是个身材高大、专横的女人，喜欢批评哈利，并拿他与达力做不利的比较。德思礼一家强迫哈利假装自己就读于圣布鲁斯安全中心少年犯学校。哈利忍受着她的侮辱，但当她说他父母的坏话时，他失控了，意外地将她吹得像气球一样鼓起来。由于害怕受到惩罚，他带着行李箱和海德薇的笼子逃离了房子。
吹胀玛姬姑妈后立即发生，深夜
骑士公共汽车
逃离女贞路后，哈利发现自己被困在黑暗的麻瓜世界。他看见阴影里有一条大黑狗，然后招手拦下了骑士公共汽车，这是一辆为被困巫师和女巫准备的紫色三层魔法巴士。售票员斯坦·桑帕克和司机厄尼·普兰带他去了伦敦。旅途中，哈利得知了小天狼星布莱克，一个从阿兹卡班监狱越狱的臭名昭著的杀人狂。巴士把他送到破釜酒吧，魔法部部长康奈利·福吉在那里迎接他。
乘坐骑士公共汽车后的清晨
与康奈利·福吉会面
魔法部部长康奈利·福吉在破釜酒吧与哈利会面。令哈利惊讶的是，福吉并没有为玛姬姑妈的事生气，反而因哈利安全而松了口气。福吉解释说意外魔法逆转司已经处理了此事。他允许哈利在破釜酒吧度过暑假剩余时间，但坚持要他待在对角巷。哈利请福吉签署他的霍格莫德许可表，但福吉以规定为由拒绝了。哈利觉得福吉的宽容有些奇怪。
接下来的两周
在对角巷的暑假
哈利在对角巷享受到了新获得的自由，他逛商店、吃冰淇淋，并在弗洛林·福斯科的帮助下完成作业。他去了古灵阁巫师银行补充钱袋，并被优质魁地奇用品店中那华丽的火弩箭扫帚所吸引。他买了新课本，包括用于保护神奇生物课的具有攻击性的《妖怪们的妖怪书》。他还注意到一本关于死亡预兆的书，上面画着一条黑狗，这让他感到不安。最后，罗恩和赫敏到了，他们在开学前一起度过了一段时光。
开学前一天
韦斯莱一家在破釜酒吧
韦斯莱全家来到破釜酒吧。哈利见到了亚瑟·韦斯莱和莫丽·韦斯莱、弗雷德、乔治、珀西和金妮。晚餐时，哈利无意中听到韦斯莱夫妇在争论小天狼星布莱克的事。亚瑟·韦斯莱透露布莱克越狱是为了杀死哈利，因为他是伏地魔的得力助手，并认为杀死哈利能让伏地魔东山再起。哈利得知摄魂怪正在守卫学校。他感到既恐惧又坚定，但也因访问霍格莫德的机会彻底泡汤而失望。
九月一日
出发前往霍格沃茨
魔法部提供汽车送韦斯莱一家、哈利和赫敏前往国王十字车站。亚瑟·韦斯莱把哈利拉到一边，警告他不要去找小天狼星布莱克。哈利和罗恩、赫敏一起登上了霍格沃茨特快列车。他们发现一个空包厢里坐着一个睡着的男人，后来得知他是新来的黑魔法防御术课教授R. J.卢平。旅程一直很平静，直到火车意外停下。
前往霍格沃茨的火车旅途中
摄魂怪袭击霍格沃茨特快
霍格沃茨特快列车突然停下，灯也熄灭了。一个摄魂怪，一种以快乐为食的戴兜帽的生物，进入了哈利的包厢。哈利被寒冷淹没，并听到了母亲垂死的尖叫声。他昏了过去。卢平教授用一个银色的咒语赶走了摄魂怪，并给了哈利巧克力让他苏醒。哈利对自己的反应感到尴尬和困惑，因为其他人都没有晕倒。这一事件标志着哈利第一次遭遇摄魂怪，并揭示了他深藏的创伤。
九月一日晚上
抵达霍格沃茨
学生们到达霍格莫德车站，乘坐马车前往霍格沃茨。哈利看到又有两个摄魂怪守卫着大门。在门厅，麦格教授叫哈利和赫敏去她的办公室，庞弗雷夫人检查了哈利的情况。然后他们加入了大礼堂的宴会。邓布利多宣布摄魂怪驻守在每个入口，并警告学生未经许可不得离校。他还介绍了两位新老师：卢平教授教黑魔法防御术，鲁伯·海格教保护神奇生物课。哈利、罗恩和赫敏为海格感到非常兴奋。
上课第一天
第一节占卜课
哈利、罗恩和赫敏在特里劳妮塔楼上了他们的第一节占卜课，由特里劳妮教授授课。课程内容是解读茶叶。特里劳妮教授检查了哈利的茶杯，戏剧性地宣布他看到了不祥，一条预示死亡的幽灵狗。这让哈利感到不安，尤其是他已经两次看到一条大黑狗。赫敏表示怀疑，但罗恩非常担心。这堂课让哈利感到心神不宁。
上课第一天
第一节保护神奇生物课
海格的第一节保护神奇生物课向全班介绍了鹰头马身有翼兽。他解释说它们是骄傲的生物，必须带着尊重接近。哈利成功地向巴克比克鞠躬，并被允许骑上它，在围场里飞行。然而，德拉科·马尔福侮辱了巴克比克，手臂被划伤。马尔福夸大了他的伤势，海格非常沮丧，担心自己会被解雇。哈利、罗恩和赫敏发誓要支持海格。
学年初期
博格特课
卢平教授的第一节黑魔法防御术课是关于博格特的实践课，博格特是一种会变成人最恐惧形态的变形生物。纳威·隆巴顿面对博格特，它变成了斯内普教授。在卢平的指导下，纳威把它变成了一个穿着祖母衣服的可笑版斯内普。全班轮流练习，但轮到哈利时，卢平介入并阻止了他。后来，卢平解释说他以为博格特会变成伏地魔，但哈利承认他害怕的是摄魂怪。这堂课非常成功，让卢平大受欢迎。
万圣节之夜
小天狼星布莱克闯入
万圣节宴会后，格兰芬多的学生们回到公共休息室，发现胖夫人的肖像被划破了。小天狼星布莱克试图闯入格兰芬多塔楼。学生们被迫睡在大礼堂，而城堡则被搜查。哈利无意中听到邓布利多和斯内普在讨论布莱克的越狱，以及邓布利多拒绝让摄魂怪进入城堡。这一事件加剧了危险感，并导致安保加强，包括用反复无常的卡多根爵士取代了胖夫人。
十一月初
格兰芬多对赫奇帕奇魁地奇赛
本赛季第一场魁地奇比赛是格兰芬多对赫奇帕奇。天气很糟糕，下着大雨，刮着强风。比赛中，哈利看到看台上有一条大黑狗，这让他分了心。然后，一百个摄魂怪出现在球场上，哈利再次听到了母亲的尖叫声。他从扫帚上摔了下来，导致格兰芬多输掉了比赛。他在医院翼楼醒来，发现他的光轮2000被打人柳摧毁了。哈利对这次失利和羞辱感到非常沮丧。
第二次霍格莫德之旅的周末
活点地图
弗雷德·韦斯莱和乔治·韦斯莱给了哈利活点地图，这是一张魔法羊皮纸，能显示整个霍格沃茨城堡和场地，包括每个人的位置和秘密通道。利用地图，哈利发现了一条通往霍格莫德蜂蜜公爵的隐藏通道。他利用它偷偷溜进村子，在那里遇到了罗恩和赫敏。他们去了三把扫帚，无意中听到老师们和康奈利·福吉的谈话，得知小天狼星布莱克是波特夫妇的保密人，并向伏地魔出卖了他们。哈利感到震惊和愤怒。
圣诞节早晨
火弩箭到来
哈利收到一份匿名的圣诞礼物：一把火弩箭，这是世界上最快、最先进的飞天扫帚。他欣喜若狂，但赫敏起了疑心，担心它可能被小天狼星布莱克施了恶咒。她向麦格教授报告了自己的担忧，麦格教授没收了扫帚进行检测。哈利和罗恩对赫敏非常愤怒，导致他们的友谊出现裂痕。经过全面检查后，火弩箭最终被归还，证明是安全的。这件事使哈利与赫敏的关系变得紧张。
圣诞节后
反摄魂怪课程开始
卢平教授开始教哈利守护神咒，以抵御摄魂怪。课程在魔法史教室进行，使用一个伪装成摄魂怪的博格特。哈利起初很吃力，因为他快乐的回忆不够强大，无法召唤出强大的守护神。在尝试过程中，他还听到了父母的声音。经过几次课程，他成功召唤出一个银色的、模糊的守护神，但还不足以驱走摄魂怪。卢平鼓励他，说以他的年龄来说，这已经是很了不起的成就了。
早春
格兰芬多对拉文克劳魁地奇赛
格兰芬多对拉文克劳的魁地奇比赛对魁地奇杯至关重要。比赛中，三个伪装成摄魂怪的身影出现，但哈利现在更加自信，成功施展了强大的守护神咒。这些身影原来是德拉科·马尔福、克拉布、高尔和马库斯·弗林特，他们试图破坏比赛。他们被抓住并受到了惩罚。哈利抓住了金色飞贼，确保了格兰芬多的胜利。这场比赛增强了哈利的信心以及他对抗摄魂怪的能力。
拉文克劳比赛后的当晚
小天狼星布莱克第二次闯入
罗恩醒来，发现小天狼星布莱克拿着刀站在他宿舍的床边。布莱克划破了罗恩的床帘，但罗恩尖叫后他逃走了。城堡再次被搜查，但布莱克逃脱了。后来发现纳威·隆巴顿把口令写下来并弄丢了，这才让布莱克得以进入。纳威受到了严厉的惩罚。这一事件引起了广泛的恐慌，并导致安保措施更加严密，包括雇佣了安保巨怪来守卫格兰芬多公共休息室。
春天
巴克比克上诉失败
海格为巴克比克争取生命的申诉失败了。危险生物处置委员会判处这头鹰头马身有翼兽在日落时处决。海格悲痛欲绝。哈利、罗恩和赫敏去看望他，表示支持。他们发现罗恩的宠物老鼠斑斑正躲在海格的小屋里。包括康奈利·福吉和刽子手沃尔顿·麦克尼尔在内的处决队伍到了。哈利、罗恩和赫敏被迫离开，但他们决心要帮忙。
巴克比克处决当晚
尖叫棚屋对峙
哈利、罗恩和赫敏跟着斑斑和克鲁克山进入打人柳下的一个隧道，隧道通向尖叫棚屋。在那里，他们找到了罗恩和小天狼星布莱克，布莱克实际上是一个阿尼马格斯，以狗的形象出现。布莱克揭露斑斑就是小矮星彼得，另一个阿尼马格斯，他假死并陷害布莱克出卖了波特夫妇。卢平教授赶到并证实了这个说法。关于波特夫妇被出卖的真相终于被揭开。
在尖叫棚屋对峙期间
小矮星彼得变回人形
卢平和布莱克强迫斑斑变回人形。小矮星彼得出现了，他是个矮小、秃顶、长相像老鼠的男人。他承认向伏地魔出卖了莉莉和詹姆·波特，并陷害了小天狼星布莱克。他乞求饶命，但布莱克和卢平准备杀了他。哈利出面干预，说服他们把小矮星彼得交给摄魂怪。小矮星彼得被绑了起来，但在返回城堡的途中，卢平在满月下变成了狼人，他趁机逃走了。
尖叫棚屋之夜
摄魂怪之吻被阻止
小矮星彼得逃跑后，哈利、赫敏和昏迷的小天狼星被摄魂怪包围。哈利试图召唤守护神，但失败了。就在一个摄魂怪即将对哈利施以摄魂怪之吻时，一个强大的银色牡鹿守护神出现，驱散了摄魂怪。哈利看到湖对岸有一个人影，以为是他的父亲。后来他意识到，是他自己召唤了那个守护神，因为他在之前的时间循环中看到过自己这样做。
尖叫棚屋之夜
哈利和赫敏使用时间转换器
邓布利多透露，小天狼星将被施以摄魂怪之吻。他暗示哈利和赫敏可以使用赫敏的时间转换器回到过去。他们回到了三小时前，目睹了过去的自己。他们释放了巴克比克，并躲在森林里。当处决队伍到达时，他们发现巴克比克已经不见了。后来，他们骑着巴克比克飞到关押小天狼星的塔楼，救出了他。小天狼星骑着巴克比克逃走了，并在这个过程中洗清了自己的罪名。
尖叫棚屋事件次日
卢平辞职
斯内普向全校透露卢平教授是狼人后，卢平教授辞去了职务。哈利试图说服他留下，但卢平觉得自己不能再冒发生另一次事件的风险。他把活点地图和隐形衣还给了哈利。哈利的离开让他感到悲伤，因为卢平是他们遇到过的最好的黑魔法防御术课老师。邓布利多安慰哈利，告诉他他的父亲活在他身上。
学年末，在霍格沃茨特快列车上
小天狼星的信
在返回伦敦的火车上，一只小猫头鹰送来了小天狼星布莱克的信。小天狼星解释说火弩箭是他送的，并为吓到哈利而道歉。他随信附上了一张签过字的霍格莫德许可表给哈利。他还把那只小猫头鹰送给了罗恩，作为斑斑的替代品。哈利欣喜若狂，对未来充满了希望。他怀着轻松的心情回到德思礼家，因为他知道自己有一个关心他的教父。
