SYLO与Retro之间的内战
突袭未来防卫力量未来防卫力量SYLO与复古派控制的美国空军之间持续不断的内战，是美国两支对立军事力量之间一场力量悬殊的较量，后来演变为一场关乎一个时代能否为了自身生存而夺取另一个时代的斗争。复古派拥有超越未来防卫力量未来防卫力量SYLO能力范围的武器和飞机，他们的入侵计划使这场冲突的利害远远超出军事胜负。抵抗者试图阻止这一计划，故事也由此追问，参战者能否避免采用集体惩罚和复仇的逻辑。
对立力量与力量悬殊的战争
这场冲突被描述为美国军方两个分支之间的内战——与美国海军有关联的未来防卫力量未来防卫力量SYLO，以及由复古派控制的美国空军。双方的力量差距不仅体现在人数上，也体现在装备上。格兰杰上尉一行乘坐的未来防卫力量未来防卫力量SYLO直升机遭到攻击时，复古派武器以肉眼看不见的能量爆发发动打击，威力足以媲美爆炸性导弹。直升机剧烈倾斜，但仍保持飞行并受控；格兰杰上尉命令采取规避动作，卡特则奋力让飞机继续留在空中。未来防卫力量未来防卫力量SYLO的天鹰式战机没有武器，只能由眼镜蛇直升机进行还击。这一场景展现了一场连基本还击能力都分配不均的战争。
这并不意味着未来防卫力量未来防卫力量SYLO停止了抵抗。战火蔓延至塔克·皮尔斯的家乡彭伯威克岛，未来防卫力量未来防卫力量SYLO在那里建立基地，对抗复古派控制的美国空军。未来防卫力量未来防卫力量SYLO的士兵曾占领该岛，并以病毒为借口对其实施隔离，而这只是个虚假的说辞。在更广泛的冲突中，未来防卫力量未来防卫力量SYLO将自己的介入描述为保护人们免遭复古派暴行——复古派的行动已导致世界四分之三的人口丧生。于是，战争侵入了曾经的家园，也使保护、占领与军事必要性变成难以区分的现实。
穹顶与复古空军的卷土重来
莫哈韦沙漠附近一架未来防卫力量未来防卫力量SYLO直升机被摧毁，揭示出即使51区军事基地的机队已被彻底摧毁，复古派仍在活动。一架复古派战斗机从穹顶垂直升起后消失，表明先前机队的覆灭并未终结美国空军的作战能力。穹顶似乎正在支援更多飞机的到来或生产。散布在沙漠中的数百架未来防卫力量未来防卫力量SYLO战斗机残骸，显示出此前摧毁穹顶的尝试付出了多大代价；无人机和防空武器则保护着这座建筑。塔克认定穹顶实际上无法攻破，而且身为囚犯，他自己在这场战争中的角色已经结束。
后来对沙漠穹顶发动的攻击，再次显现出双方力量差距之大。未来防卫力量未来防卫力量SYLO的喷气式战机向建筑发射导弹，但大多数导弹在抵达目标前就被复古派战斗机拦截。这次袭击并非为了营救附近营地里的囚犯，目标是被称为地狱之门的穹顶。一名复古派士兵事先得知袭击计划，因此暴露出敌军中有一名桑德斯反抗军成员；这一发现一度表明，复古派内部也有人抵抗，不只是外部有人反抗。
穹顶的防御并不止于环绕其周围、盘旋飞行的机群。地面防空武器保护着基地，其他复古派战斗机也离开防御阵地发起攻击。在空中，几架未来防卫力量未来防卫力量SYLO战斗机各自要面对三四架复古派无人机。与芬威球场形成的对照显示出军事局势发生了多大变化——当时尚未建成的穹顶没有复古派防御力量，而沙漠设施则已做好准备，防护严密，并能从多个方向应对袭击。尽管未来防卫力量未来防卫力量SYLO仅在几天前就在51区军事基地摧毁了一千架黑色飞机，卷土重来的机队仍展现出复古派资源之雄厚，以及那场胜利的局限。
未来为何入侵
奥利维娅的叙述将军事冲突与她所处时代的环境和政治失灵联系起来。气候变化融化了极地冰层，淹没了低洼地区；曼哈顿下城和洛杉矶大部分地区都已沉入水下，新奥尔良不复存在，彭伯威克岛也已消失。与此同时，人口增长与农田减少加剧了人们对宜居空间的争夺。城市拥挤不堪，住房由政府管控，建筑则由回收废弃物建成。
据奥利维娅所说，来自过去的领导人获得未来知识后，看到了即将到来的灾难，却未能改变方向。他们没有确保安全替代燃料得到发展，也没能说服足够多的人采取行动应对气候变化；在人口增长、粮食供应减少的同时，化石燃料的使用和工业生产仍在继续。不同年代的政府之间近七十年的外交努力未能避免危机。未来政府公开讲述时空之桥及相关谈判的说法，也被用来煽动人们敌视过去。奥利维娅解释说，当改变过去已无法拯救数十亿正遭受疾病与饥饿折磨的人时，入侵便成了一种选择。由于其他星球上没有殖民地，过去遂成为他们打算征服和殖民的领土。
这项计划不只是军事占领。奥利维娅指出，计划的目标是用来自二十四世纪的人取代二十一世纪的人口；她谴责这一罪行，同时也解释了它是如何筹划的。费特则描述了未来面临的相关压力——地球上有七个国家，包括美国、新钦、欧罗巴、安比亚、巴西利亚、澳大利亚和新北极，它们为了空间、水、能源和生存而持续交战。他的说法为复古派的生存论提供了具体背景，但资源匮乏只能解释扩张背后的压力，不能使人口替换或大规模杀戮变得可以接受。
抵抗与战斗的道德代价
战争中的道德冲突不仅来自复古派的入侵，也体现在反抗者所做的选择中。托里·斯利珀质疑塔克是否准备为了追求目标而放弃一个垂死之人。她将这一决定与破坏复古派机队所导致的死亡，以及自己开枪杀人的经历联系起来。她指出，抵抗者谴责复古派漠视人命，却也逐渐愿意在任务需要时把人命视为可以牺牲的代价。当她问塔克，若按下一个按钮就能终结入侵、拯救幸存者，却也会消灭公元2324年的全体人口，他是否会按下按钮时，战争中所谓善恶分明的界线便难以维系。
塔克自己的叙述明确展现了他的行为变化。他回忆自己如何从害怕托里的手枪，变成对任何被他视为威胁的人开火；由于相信己方正义，他对此并无负罪感。从一开始，复仇便与追求真相、终结苦难的愿望一道驱使着他。然而，可能取得的胜利并不能决定接下来该怎么做——如果炸弹奏效，复古派就会被困在未来，过去的世界或许能够重建，但塔克质疑人类是否会重蹈导致这场灾难的覆辙。
在又一次与费特对峙后，塔克说杀戮必须在某处停止，随后朝费特跑去。这一举动并不能证明战争已经结束，也不能说明相互冲突的主张已经和解。相反，它标志着塔克对胜利的理解发生了转变——阻止入侵固然重要，拒绝让生存之战成为无限报复的借口也同样重要。因此，这场内战的意义既在于双方军事力量悬殊，也在于它对抵抗者施加的道德考验。
