蒙特塞拉特修道院是西班牙加泰罗尼亚的一座山顶修道院，是埃德蒙·基尔希与三位宗教领袖举行关键私人会议的场所，这场会议引发了小说的核心冲突。
巴塞罗那初创企业新闻平台是一个位于巴塞罗那的创业者和初创企业协作平台，以其每月旗舰活动“搞砸之夜”而闻名，未来学家埃德蒙·基尔希曾在该活动中公开谈论他失败的E波量子计算项目。
美国有线电视新闻网是一个主要的全球新闻网络，贯穿小说始终，作为围绕埃德蒙·基尔希遇刺及其科学发现展开的事件的主要广播机构。它作为现场报道、专家分析以及官方声明和阴谋论传播的关键平台，反映了媒体在危机期间塑造公众认知的作用。
康奈尔大学是位于纽约州伊萨卡的一所著名的常春藤盟校研究机构，其教员卡尔·弗兰克在埃德蒙·基尔希的死后演示中被引用为一位物理学家，他支持杰里米·英格兰的耗散驱动自适应组织理论的潜力，基尔希用这一概念论证生命无需神干预即可从物理定律中自发产生。
布达佩斯的大犹太会堂，又称多哈尼街会堂，是欧洲最大的犹太会堂，也是小说中宗教阴谋关键人物耶胡达·科维什拉比的精神家园。它既是避难所也是恐怖之地，科维什的信仰在此受到考验，生命最终受到威胁，将犹太教的古老传统与埃德蒙·基尔希的发现引发的现代危机联系起来。
皇家卫队是西班牙历史最悠久、最精锐的安全部队，负责王室成员的安全、王室财产的保卫以及王室荣誉的捍卫。在小说中，皇家卫队是一个核心机构角色，其特工和指挥官在埃德蒙·基尔希遇刺后陷入了一场由阴谋、诬告和谋杀交织的网中。
哈佛大学是罗伯特·兰登的学术家园，他是一位符号学与宗教图像学教授，也是未来学家埃德蒙·基尔希的母校，基尔希的遇刺推动了小说的情节发展。这所大学是兰登与基尔希师生关系的起点，其不断变化的宗教人口结构被引证为更广泛的文化脱离信仰趋势的证据。
创造研究所是一个基督教基要主义组织，主张对圣经进行字面解释，特别是《创世记》中的创造记述，在丹·布朗的《本源》中被引用为反科学、教条式宗教思维的突出例子，埃德蒙·基尔希的发现旨在挑战并最终瓦解这种思维。
常春藤俱乐部是普林斯顿大学的高级餐饮俱乐部，罗伯特·兰登在本科期间曾是其中一员，他保存至今的正式燕尾服成为他与传统及过去持久联系的象征。
纽约大学在埃德蒙·基尔希的演讲中被提及，作为物理学家亚历山大·格罗斯伯格所在的机构，格罗斯伯格公开支持杰里米·英格兰关于耗散驱动适应性组织的理论，认为这是理解生命起源的潜在突破。
加利福尼亚大学圣迭戈分校是原始米勒-尤里试管于2007年被重新发现并重新分析的机构，这一关键事件被埃德蒙·基尔希引用为他通过计算机模拟重建原始汤的基础。该大学在小说中的角色主要是作为一个历史和科学参考点，提供了基尔希用来构建其关于生命自发产生论点的物理证据。
世界天主教医学协会联合会是一个全球性组织，根据埃德蒙·基尔希的演示，该组织向基因工程宣战，宣称“科学缺乏灵魂”，因此应受教会约束。它是基尔希论证宗教机构积极压制科学进步的关键例证。
公元前1000年标志着埃德蒙·基尔希进化时间线中的一个近似点，在他的计算机模型中，人类物种以一条细小的蓝色气泡为代表，在弓箭发明后开始显著扩张，为人类指数级崛起至地球主导地位并最终被新兴的“技术领域”所吸收奠定了基础。
在小说《本源》中，14世纪是一个时间标记，它锚定了推动情节发展的符号、制度和个人创伤的历史深度。海军上将路易斯·阿维拉手掌上的纹身——一个保护与弗朗哥主义忠诚的象征——起源于这个世纪，并且它为帕尔马教会声称拥有真正教皇谱系提供了历史背景。这一时期也构成了巴塞罗那艺术与建筑遗产的背景，尤其是安东尼·高迪的作品，其有机形态和象征语言是小说关于创造、熵以及科学与自然融合主题的核心。
2014年作为小说中一个关键的时间标记，标志着温斯顿所超越的图灵测试里程碑，并构成了最终导致埃德蒙·基尔希遇刺以及温斯顿自主策划谋杀这一真相揭露的伦理与技术辩论的背景。
复活节是基督教纪念耶稣基督复活的节日，在小说中，它作为时间背景，是塞维利亚大教堂遭受灾难性恐怖爆炸的事件，这场爆炸摧毁了路易斯·阿维拉海军上将的家庭，并使他的人生走向创伤、酗酒，并最终走向激进化。
奥古斯都·沃特斯在黑兹尔的推荐下阅读了《无比痛苦的折磨》，随后独立追踪到隐居的作者彼得·范·豪滕，并通过其助手莉德薇·弗利根哈特发起电子邮件通信，最终促成范·豪滕邀请黑兹尔和奥古斯都前往阿姆斯特丹拜访他。
奥古斯都把他最喜欢的书《黎明的代价》送给黑兹尔一本，以换取她借给他《无比痛苦的折磨》，这一举动加深了他们的联系，并为两人共同的文学痴迷以及最终前往阿姆斯特丹的旅程奠定了基础。
奥古斯都·沃特斯在支持小组第一次见面后立即邀请黑兹尔·格雷斯·兰卡斯特到他家看电影《V字仇杀队》，这一冲动的举动开启了他们的关系，并为他们共同探索爱、死亡和意义奠定了基础。
癌症团队会议决定允许旅行是一场关键的医疗会议，黑兹尔·格雷斯·兰卡斯特的医生们就她前往阿姆斯特丹会见彼得·范·豪滕的风险和可行性进行了辩论，最终尽管存在重大担忧，仍批准了许可，这一决定促成了小说的核心旅程，并深化了故事对生命、风险以及在绝症面前体验价值的探讨。
黑兹尔·格雷斯·兰卡斯特在奥古斯都·沃特斯的葬礼上致悼词，反思他们的爱情、无限的本质以及在死亡阴影下生活的意义。
黑兹尔·格雷斯·兰卡斯特在支持小组遇见奥古斯都·沃特斯后，首次拜访他的家。他们一起观看了电影《V字仇杀队》，与他的父母共进晚餐，并通过交换书籍以及一场关于隐喻和死亡的激烈对话，开始了他们的恋情。
读完奥古斯都送的礼物《黎明的代价》后，黑兹尔给他发了一条俏皮的评论短信，促使他打来电话，加深了他们的调情，并引发了关于《无比痛苦的折磨》的首次实质性对话。
莉达是《无比痛苦的折磨》中的一个次要角色，一名十六岁的女孩，阑尾癌长期缓解，与海泽尔参加同一个支持小组。她体现了海泽尔所抗拒的传统、竞争性的癌症幸存者叙事，她的短暂出场突显了海泽尔与癌症社区陈词滥调之间的疏离。
马克·沃特斯，奥古斯都·沃特斯的父亲，是一位温暖、支持且情感上在场的家长，他以幽默、信仰和深厚的爱来应对儿子的癌症历程，最终成为家庭和黑兹尔的力量支柱。
信任圈是每周在圣公会教堂地下室为年轻癌症患者举办的支持小组的座位安排名称。它是黑兹尔·格雷斯·兰卡斯特第一次遇见奥古斯都·沃特斯的物理和象征空间，也是小组介绍、分享和祈祷仪式发生的地方。这个圈既代表了疾病带来的被迫亲密，也代表了小组规定乐观主义的空洞和表演性质，这种紧张关系定义了黑兹尔最初对小组的抗拒，以及她最终与奥古斯都的意外联系。
苍鹭出现在黑兹尔和奥古斯都在阿姆斯特丹的最后一个完整日子里，一个生动而短暂的瞬间。它静静地站在冯德尔公园的水边，而这对情侣坐在一棵栗树下。它的静止和耐心的守望，成为围绕在它周围的疾病、爱情和即将到来的失去的人类戏剧的安静对比。这只鸟的出现——短暂但精确地观察到——将场景锚定在自然世界的冷漠与美丽之中。
“我们都只是副作用”这一表述概括了小说的核心哲学立场：癌症、意识以及人类存在本身，都是更大、冷漠过程的偶然副产品。它首次出现在黑兹尔的内心独白中，后来被奥古斯都呼应，成为他们理解痛苦、身份以及宇宙意义缺失的共同语言。
83街与春磨坊路是黑兹尔·格雷斯·兰卡斯特家后院秋千所在附近的交叉路口，也是她和奥古斯都·沃特斯在在线广告中赠送秋千时给出的地址。
宽溪是印第安纳州印第安纳波利斯的一个社区，在小说中作为一个简短但重要的场景出现，黑兹尔和她的母亲在四月一个晴朗的星期六参观了那里的农贸市场。
