东海是分隔日本与亚洲大陆的水域，在德川幕府迫害期间，它成为葡萄牙传教士从澳门前往日本的最后海上通道。在远藤周作的小说《沉默》中，这片海不仅是地理背景，更是象征基督教西方与吸收并改造外来意识形态的日本“沼泽”之间广阔而冷漠的距离。它是塞巴斯蒂安·罗德里格斯和弗朗西斯科·加佩等传教士带着信仰前往最终将击败他们的土地所跨越的空间，也成为见证定义小说道德危机的殉教事件的沉默旁观者。
里斯本，葡萄牙的首都，是小說中核心傳教旅程的出發點，也是塞巴斯蒂安·羅德里格斯的精神家園；他對這座城市的記憶，在他於日本的苦難中塑造了他的身份與信仰。
长崎是远藤周作小说《沉默》的核心城市，作为德川幕府反基督教迫害的中心、奉行所的所在地、臭名昭著的踏绘仪式和穴吊酷刑的发生地，以及背教神父塞巴斯蒂安·罗德里格斯和克里斯托旺·费雷拉的最终居所。它是小说中基督教与“日本的沼泽”之间冲突的地理和象征核心。
围起来的看守所是江户基督徒住宅内的一处监狱设施，塞巴斯蒂安·罗德里格斯（日本名冈田三右卫门）在此度过了生命的最后三十年，当局在此对疑似基督徒（包括吉次郎和一桥又兵卫）进行监视、审讯和酷刑。
《玄义录》是背教传教士克里斯托旺·费雷拉奉日本奉行井上之命撰写的论战手稿，旨在驳斥基督教教义并为镇压日本基督教提供正当理由。它代表了费雷拉曾侍奉的信仰所遭受的终极智识背叛，将其神学知识转化为对抗教会的武器。
圣像（踏绘）是远藤周作《沉默》中的核心物件，既是迫害工具，也是信仰、弃教以及基督教在日本发生转变的象征。它是一块铜制或木制牌匾，上面刻有基督或圣母玛利亚的像，被怀疑是基督徒的人被迫踩踏其上，以证明自己放弃信仰。踏绘成为深刻的精神与肉体冲突的场所，踩踏行为不仅是一种形式，更是一个充满个人痛苦的时刻，对某些人而言，甚至是一种与神性相悖的相遇。
在远藤周作的《沉默》中，监狱不仅仅是一个物理场所，更是一个转化空间，小说核心的神学与心理冲突在此上演。它既是模棱两可的宁静之地，也是怀疑的熔炉，更是罗德里格斯的信仰受到考验并最终破碎、导致他弃教的终极舞台。监狱不断变化的特征——从虚假的和平之地到难以忍受的声音之室——反映了罗德里格斯自身的精神堕落。
江户基督徒住宅是背教葡萄牙神父塞巴斯蒂安·罗德里格斯（改名冈田三右卫门）被监禁最后三十年的机构，作为一个受控的监视、强制劳动场所，以及国家在日本对基督教的最终胜利的象征。
德川幕府是17世纪初统一日本的军事政府，在最初为贸易而容忍基督教传教活动后，通过法令、监视、酷刑和处决系统性地迫害基督教，最终使国家与外界影响隔绝，并创造了小说中所描述的“沼泽”，该沼泽吸收并改变了这一外来信仰。
奥斯定会是一个天主教修会，在“基督教世纪”期间参与了日本传教活动，贡献了与其他修会成员一同被俘、受酷刑并殉道的传教士。该修会的存在在小说中被提及，作为更广泛的传教努力的一部分，这一努力最终未能在日本扎根。
吉次郎与其家人的关系，由他在家人集体殉教时的背教行为所定义。这一行为将他与家人割裂，成为萦绕不去的秘密，驱动着他在整部小说中的懦弱、背叛，以及绝望而反复地回归圣事。
罗德里格与基督的关系是《沉默》的核心精神轴线，描绘了塞巴斯蒂安·罗德里格斯对基督面容的理想化、浪漫化想象如何在迫害中被神的沉默击碎，并最终通过他的弃教转化为一种悖论性的、与受苦基督的亲密相遇，这位基督命令他踩踏圣像。
加佩与吉次郎的关系是一位坚定的传教士与一位懦弱、反复背教的日本基督徒之间的鲜明对比，加佩对吉次郎的即时怀疑、蔑视和拒绝信任最终被证明是有先见之明的。
罗德里格与加尔佩的关系是小说的核心兄弟情谊，一种共同使命、相互支持与最终分离的伙伴关系，定义了日本传教任务的道德与情感轨迹。他们的友谊在修道院中形成，在迫害中经受考验，最终在各自不同的命运重压下破裂，加尔佩的英雄式死亡与罗德里格的弃教标志着小说中基督徒见证的两极。
塞巴斯蒂安·罗德里格斯与日本基督徒农妇莫妮卡之间的关系，由她谦卑的慷慨行为、面对迫害时坚定的信仰以及她的悲惨死亡所定义，这成为罗德里格斯深感内疚和精神危机的根源。
1614年驱逐传教士令是德川幕府正式禁止基督教在日本的法令，宣布该外来宗教对国家构成颠覆性威胁，并命令所有传教士离开日本。它标志着日本基督徒迫害的决定性转折点，将零星的局部镇压转变为一场持续数个世纪的系统性、国家驱动的清除运动。
踏绘测试是德川幕府强制要求疑似基督徒践踏基督或圣母像以证明其弃教的仪式，是该政权宗教监控的主要工具，也是小说中核心的道德危机。
酉年是塞巴斯蒂安·罗德里格斯生命的最后一年，他在江户基督徒住宅被囚禁三十多年后于该年去世，自弃教以来他一直使用日本名字冈田三右卫门。
延宝四年（1676年）标志着江户基督徒住宅内迫害与监视加剧的时期，正如一名官员的官方日记所记载。这一年，背教神父冈田三右卫门（原塞巴斯蒂安·罗德里格斯）的侍从吉次郎因持有基督徒圣像被捕，引发了一系列调查、酷刑以及反基督徒措施的强化，揭示了政权根除信仰的不懈努力。
1587年7月24日，日本关白丰臣秀吉在暴怒中突然颁布驱逐基督教传教士的命令，这一关键举动开启了日本对基督教的系统性迫害，并为远藤周作小说中所描绘的苦难、背教与文化冲突的世纪奠定了基础。
1633年标志着日本传教史上一次决定性的断裂，这一年，克里斯托旺·费雷拉与外界的所有联系都中断了，此后，神的沉默对塞巴斯蒂安·罗德里格斯来说成了一个无法忍受的神学问题。
亥时是深夜时段，塞巴斯蒂安·罗德里格斯在无量院与背教者克里斯托旺·费雷拉经历创伤性会面后，被押送回长崎的监狱，标志着他最终心理崩溃的开始以及走向自身背教的决定性转折。
战国时代（约1467–1615年）是日本封建领主（大名）之间近乎持续内战的时期，这反而为基督教在日本的初步传播创造了条件。中央政府的缺失使得传教士在被迫害时能够从一个领地转移到另一个领地，从而建立起一个繁荣的皈依者社区。这一政治分裂时期以及最终在织田信长、丰臣秀吉和德川家康等人领导下日本的统一，构成了小说中西方基督教与日本文化之间核心冲突的历史背景。
万圣节是西方的一个节日，在塞巴斯蒂安·罗德里格斯被囚禁于长崎期间被随口提及，他将此节日与日本的盂兰盆节进行比较，突显了在迫害中跨文化反思的时刻。
圣雅各伯瞻礼，7月25日，标志着1638年载有塞巴斯蒂安·罗德里格斯及其同伴的圣伊莎贝尔号在从里斯本前往日本的危险航程中绕过好望角的那一天，那一刻的猛烈风暴和近乎沉船预示着等待他们的考验。
8月1日是日本历法中的一个日期，标志着德川幕府控制基督徒人口体系中的正式感恩与进贡仪式，如远藤周作的小说《沉默》中所描绘。在这一天，来自长崎和浦上的村长们向奉行所进献早熟稻米箱，每个城镇的官员和代表都必须身着白色礼服向奉行所报到。这个日期也是盂兰盆节后的第二天，并且是更广泛的年度踏绘仪式（于1月4日举行）以及系统性迫害基督徒（包括使用告密者和背叛奖励）背景的一部分。
日本的雨季从六月开始，是小说中反复出现的氛围和象征性存在，标志着时间的流逝、迫害的加剧，以及人物（尤其是塞巴斯蒂安·罗德里格斯）情感和精神上的荒凉。
延宝元年（1673年）标志着日本对基督徒迫害和监视的加剧时期，正如远藤周作《沉默》附录所记载。这一年，江户基督徒住宅受到严格控制，居民如冈田三右卫门（前塞巴斯蒂安·罗德里格斯）被迫从事劳役、写作任务，并面临背叛和酷刑的持续威胁。这一年见证了某位居民的死亡、胡安因“乖戾行为”被监禁，以及吉次郎身上发现基督徒圣像，导致广泛怀疑和对守卫的酷刑。政权系统性地利用告密者、奖励和踏绘测试来根除隐藏信徒，达到了顶峰，展示了基督徒社区的完全屈服，以及罗德里格斯转变为国家工具。
阿特洛波斯，随机的叛逆代理人，用一把生锈的手术刀切断了流浪狗罗莎莉的生命线（气球线），将其杀害。拉尔夫·罗伯茨和洛伊丝·查斯在斯特劳福德公园的长椅上目睹了这一行为，标志着他们与入侵德里的超自然力量的对峙出现了决定性的升级。
拉尔夫·罗伯茨和洛伊丝·查斯追踪叛逆实体阿特洛波斯来到德里家庭医院，在315病房遇到了两位仁慈的秃头小医生克洛托和拉刻西斯。这次会面发生在一个时间加速的高感知层面，揭示了冲突的宇宙级赌注：埃德·迪普诺的生命线已被阿特洛波斯切断，他被变成了一件瞄准市政中心的武器，计划在那里杀死数千人。克洛托和拉刻西斯解释了目的与随机，透露他们无法直接对抗阿特洛波斯，并委托拉尔夫和洛伊丝阻止即将发生的大屠杀。
