异端
异端贯穿《玫瑰之名》，既作为历史现实，也作为核心主题关切，塑造了推动情节的政治冲突、谋杀和哲学辩论。小说呈现的异端并非稳定的神学范畴，而是当权者用来压制异议、控制知识和消除对手的标签。通过属灵方济各会、多奇诺派和教皇宗教裁判所交织的故事，本书探讨了同样对纯洁和改革的炽热渴望如何既能产生圣徒也能产生异端，以及当权者如何利用这种模糊性为自己谋利。
异端的政治工具化
小说的历史背景——教皇约翰二十二世与巴伐利亚的路易皇帝之间的冲突——表明异端指控是争夺世俗权威的主要武器。当方济各会在1322年佩鲁贾会议上确认基督贫穷为信仰问题时，教皇于1323年以《在若干人之间》教令谴责了这一立场，这主要并非出于神学信念，而是因为方济各会的主张威胁了教会的财产权及其对帝国的权威。皇帝反过来谴责教皇为异端，而方济各会——如今成为教皇的敌人——自然成为皇帝的盟友。小说明确指出，异端指控是一种政治工具——院长警告威廉，阿维尼翁方面会试图将佩鲁贾的论点等同于弗拉蒂切利派和伪使徒的论点，正是为了诋毁方济各会的立场。贝尔纳·吉对瓦拉吉内的雷米吉奥的审判正是这种工具化的典范——他对实际谋杀案的兴趣不如对证明属灵方济各会思想必然导致犯罪暴力的兴趣，从而玷污帝国使团。
圣洁与异端之间的模糊界限
巴斯克维尔的威廉反复强调区分正统与异端的困难。在与卡萨莱的乌贝蒂诺的对话中，他辩称炽天使的狂热与路西法的狂热之间几乎没有区别，两者都源于意志的极端点燃。他指出，导致福利尼奥的安吉拉亲吻基督乳房的相同神秘体验，在另一种语境下可能被视为肉欲堕落。小说通过属灵方济各会和多奇诺派相似的命运说明了这一点——两者都宣扬使徒贫困并谴责教会的财富，但一个群体（勉强）留在正统之内，而另一个则被作为异端消灭。乌贝蒂诺本人曾帮助焚烧蒙特法尔科的伪使徒，他对自己炽热信仰与他们的“疯狂”之间的接近感到困扰。威廉作为前宗教裁判官的信誉危机正是源于这种认识——他放弃了这一职务，因为他再也看不出恶人的弱点与圣人的弱点之间的区别。
愚民作为异端的主要受害者
小说强调，“愚民”——未受教育的穷人、被放逐者、农民——是异端机器的主要受害者。威廉向阿德索解释，异端并非源于教义，而是源于被排除在羊群之外的状态。愚民因饥饿和绝望而追随任何提供希望的传教士，然后无论其实际信仰如何，都被打上异端的烙印。萨尔瓦托雷和无名村女的悲惨命运体现了这一点——萨尔瓦托雷，一个几乎不懂神学争论的前多奇诺派成员，遭受酷刑并被定罪；村女，只想要食物，却被当作女巫逮捕并注定被烧死。威廉观察到，当权者总是意识到，收容被放逐者需要减少他们自己的特权，因此那些意识到自己被排除在外的被放逐者，无论其教义如何，都必须被标记为异端。管库人雷米吉奥在忏悔中证实了这一点——他加入多奇诺并非出于神学信念，而是因为那是一场“愚人的盛宴”，一场反抗领主的狂欢。
宗教裁判所对异端的建构
小说通过贝尔纳·吉对雷米吉奥的审讯，对宗教裁判程序进行了详细批判。贝尔纳的方法不是发现真相，而是制造一份服务于其政治目的的供词。他使用诱导性问题，从被告的举止中假定有罪，将沉默解释为证据，并将任何否认视为异端狡猾的进一步证据。他明确表示，一次宣誓不够，他可以要求任意多次，而每一次宣誓都将是罪行的进一步证据。审判展示了宗教裁判所如何制造异端——通过如此宽泛地定义范畴，并通过使用酷刑（或酷刑威胁）来逼取供词，它确保总有人会被定罪。威廉早先的反思——宗教裁判官常常制造异端，不仅通过想象他们不存在的地方，而且通过如此激烈地压制异端腐烂，以至于许多人出于对法官的仇恨而加入其中——在雷米吉奥最终对其多奇诺信仰的挑衅性忏悔中得到了证实。
异端作为教会自身矛盾的镜子
最终，小说暗示异端是教会自身失败投下的阴影。异端运动——帕塔林派、瓦勒度派、属灵方济各会、多奇诺派——都是对教会等级制度的腐败、财富和权力的回应。他们宣扬回归使徒教会的贫困和简朴，这一信息教会本身无法始终如一地拒绝，因为它植根于福音书。院长对修道院宝藏（包括宝石和黄金）的辩护与方济各会的贫困理想形成鲜明对比，然而两者都声称侍奉上帝。小说暗示，教会对异端的迫害是试图压制一个它无法面对的事实——它自己的世俗权力是对其创始人的背叛。布尔戈斯的豪尔赫，小说中的终极反派，体现了这一悖论——他对正统的狂热捍卫导致他谋杀并摧毁图书馆，用威廉的话说，使他成为真正的敌基督，诞生于“对上帝或真理的过度之爱”。
小说关于异端的主题也激发了大量音乐创作。荷兰多乐器演奏家Arjen Anthony Lucassen在1996年的歌曲《The Abbey of Synn》中直接引用故事内容；瑞典金属乐队Falconer的《Heresy in Disguise》（2001年）和英国铁娘子乐队的《Sign of the Cross》（1995年）均取材于小说对宗教冲突的描绘。英国摇滚乐队Ten在1996年发行专辑《The Name of the Rose》，其同名曲 loosely 基于小说的哲学概念。罗马尼亚作曲家Șerban Nichifor于1989年创作的大提琴与钢琴四手联弹作品《Il nome della rosa》是一首基于小说的诗篇。日本视觉系乐队D将首张专辑命名为《The Name of the Rose》以示致敬。瑞典金属乐队Tribulation在2024年发行的歌曲《Poison Pages》延续了这一音乐改编传统，而Asatang Onapig在1990年的歌曲《Jean Jacques Annaud》中则采样了导演谈论该小说的片段。
