水母
群水母成为小说中海洋危机最明显、报道最广泛的征兆之一。它们数量骤增，导致沿海地区关闭，渔业和旅游业受到冲击；来自遥远海域的报道则表明，这些暴发属于一场超出任何局部入侵范围的危机。文本区分了几种水母状生物，并未把每一群生物都视为同一物种；最终，小说将它们列为Yrr针对人类的行动中履行特定功能的短命生物。
沿海地区的暴发
克努特·奥尔森发来消息，将这场危机带入西古尔·约翰森及其研究船的工作环境——水母正沿着南美洲和澳大利亚海岸成群出现，新闻报道称，它们正聚集在高密度人口地区附近。奥尔森谨慎看待这一说法，但入侵的规模显而易见。这些报道从受影响的海岸远方传来，即使是与日常新闻和通讯隔绝的研究人员，也难以忽视海洋中的异变。
奥尔森之后的叙述让影响更加具体。中美洲和南美洲的海滩已经关闭，人们被禁止下水，渔民的渔网也被水母堵塞。哥斯达黎加、智利和秘鲁被描述为正面临灾难性的沿海水母群。这些并非仅仅是令人担忧的目击报告——海岸通行和渔业社区的生计都直接受到干扰。危机也蔓延至南美洲以外——澳大利亚的箱形水母数量增加，当地渔业陷入混乱，旅游业也遭受严重冲击。
生态环境的扰动不仅能从水母群中看出。根据渔船拖网作业人员的报告，大群鱼类离开了惯常的沿海活动范围，游向外海。这些证据鲜明地呈现出一种反差——水母在近岸繁殖，而鱼类却从惯常的栖息地消失。证据并未表明鱼类离开完全是由水母造成的，但水母的扩散是沿海剧变的一部分，正在改变海洋生物的状况，也改变人类对海洋的利用方式。
不同生物与不确定的报道
这些描述难以让人轻易辨认生物种类。在哥斯达黎加、智利和秘鲁近海报道的群集中，僧帽水母与另一种体型极小、触手异常长且带有剧毒的生物同时出现。观察者起初怀疑另一种生物是箱形水母，随后又考虑它可能是别的东西，也许是一种未知物种。这种不确定性十分重要——这场危机并非一次熟悉的种群激增，无法仅凭认出某种已知动物便轻易解释。约翰森注意到未知事物一再出现，因为关于陌生水母的报道，紧随海洋其他区域发现无法辨认的蠕虫之后。
其他报道进一步扩大了表面上的波及范围，却仍未说明究竟发生了什么。奥尔森列举了非洲西海岸附近出现水母的消息、日本可能爆发水母灾害的报道，以及菲律宾确认发生入侵的消息。有些情况下，媒体刊出人员失踪的报道，之后又予以撤回，随后便不再报道。这些零散信息并非全面调查，书中也保留了它们的不确定性。尽管如此，这些报道呈现出的模式仍表明，沿海暴发并未局限于危机记录最为明确的地点。
奥尔森和约翰森思考生物入侵是否足以解释他们的所见。奥尔森指出，藻类和水母在全球范围内扩散并非新现象；多年来，生物一直被带往不同海域。约翰森担忧的是，孤立的入侵与全球范围内非同寻常的现象暴发并不相同。这一区别使人们的注意力从水母是否存在，转向它们在其他异常现象同时发生之际，以不寻常的规模和时机大量繁殖这一事实。它们数量激增，是更大规模调查中的一条线索，本身并不能构成完整解释。
更大危机中的作用
随着科学家汇集来自各大洋的证据，水母与贻贝及其他海洋生物一同呈现出一种超出常规生态扰动的模式。约翰森认为，从深海平原涌现的生物群中，水母群是多种无法用单一、常见的生物入侵解释的现象之一。他更广泛的推理围绕着事件表面上的协同性，与人类对深海的有限认识及技术能力之间的不相称展开。因此，水母暴发促成了一种假设——某种智慧海洋物种正在人类几乎不了解的环境中采取行动；但水母本身并不能证明这一假设。
之后的讨论更明确地将这些暴发置于这一模式之中。约翰森解释说，蠕虫、螃蟹、水母、贻贝和这种胶状物质各自都发挥某种作用，尽管这些生物本身的寿命都不长。在这一解释中，水母并非只是海洋环境中一种永久出现的新成员。它们属于一连串生物各自执行不同任务、随后死去的过程。它们短暂存在，与其协助造成的破坏和混乱规模形成鲜明对照。
书中并未把这些生物归结为单一的生物学机制。在之后的一次深海遭遇中，凯伦·韦弗穿过一群乌贼，它们利用自身的光来驱退逼近的潜水器；周围的生物中还有体色浅淡、核心呈红蓝色的较小生物，被辨认为水母。这一场景既将水母置于深海生物世界的常态复杂性之中，也将它们呈现为大规模入侵报道中的一员。它们生活在一个其信号、活动与生存条件并非围绕人类感知来安排的世界里。
消失与意义
独立号航母沉没后，海洋各处的袭击停止了。鲸类恢复了往常的活动，蠕虫消失，成群的水母和其他有毒生物也不见了；沿海的螃蟹入侵同样停止。这一时间上的关联将暴发的结束与更大的危机联系起来，但并未把水母说成独立的起因，也没有为它们安排单独的结局。它们的退去，与其他袭击一同突然停止。
因此，水母在叙事中发挥着两种相互关联的作用。它们在有人居住、工作和旅行的地方形成沿海群集，使海洋危机变得具体可见；它们在相距遥远的地区反复出现，则削弱了将危机归因于单一局部事件的解释。与此同时，它们的短暂现身也符合小说令人不安的描写——生物行动者被部署来达成有限目的。这些生物既是晦暗海洋世界中真实的居民，也是某种有组织行动的征兆，而人类难以看清其规模。
