细菌
群细菌既是海洋生命中大多不可见的基础，也可能参与威胁大陆坡的一系列事件。它们在小说中的重要性源于这种双重视角——它们是对地球循环至关重要的普通生物，但它们的数量和活动也可能产生地质尺度的影响。叙述还谨慎划定了科学能够描述的细菌过程与归于Yrr的非凡集体行为之间的界限；Yrr被确认为阿米巴，而非细菌。
海洋生命的隐秘尺度
小说将注意力从通常代表海洋生命的大型动物身上移开。一滴海水中就有一个拥挤的微生物世界——叙述估计，每升表层海水中有数百亿个病毒、十亿个细菌、五百万个原生动物和一百万个藻类。在六千多米深处采集的样本中，仍含有数百万个病毒和细菌。因此，海洋表面上的空旷感，部分源于人类的尺度与感知；其中大部分生命过于微小，若不借助仪器便无法察觉。
海水本身被描述为不只是简单的液体。在荧光显微镜下，海水看起来像凝胶，其中交织着相互连接的大分子和透明纤维，为细菌提供附着表面。即使是很小的样本中所含物质的数量也十分惊人——若将一毫升海水中的物质展开，可得到两公里长的脱氧核糖核酸分子、三百一十公里长的蛋白质，以及五千六百公里长的多糖。这种错综复杂的物质环境有助于解释，为什么小说不把微观海洋当作可见生物之间的空旷背景，而是视为一个活动难以绘制或监测的稠密栖息地。
这种区分也限制了人们对故事中那种神秘胶状物所能得出的结论。它非同寻常的外观起初令人猜想它是一种奇异生物，但最终，这种物质被描述为普通深海阿米巴与海水及其他生命的混合物。小说提出了智能可能隐藏在微生物之中的可能性，却没有因此把细菌当作答案——细菌的丰富存在揭示了微生物世界的规模与复杂性，而被确认的细胞集体则属于另一种生物。
化学信号传递与集体行为
对于单个微小细胞如何协调行动这一问题，细菌提供了一个已知的生物学参照。小说讨论的一个例子是黄色黏球菌，这是一种栖居于土壤、以松散群体移动的细菌。当单个细菌找不到足够养分时，便会释放化学饥饿信号。随着越来越多的细胞感受到饥饿，信号会不断增强；达到临界值后，整个群体便聚集起来，形成一种名为子实体的多细胞结构，肉眼可见。这个例子为研究团队提供了一个切实的模型，说明化学信息如何让许多彼此分离的细胞协同行动。
这种比较之所以重要，是因为它将已得到证实的机制与更宏大的假设区分开来。化学信号和细胞聚集本身并不能证明智能的存在。但它们确实表明，细胞能够根据其他细胞产生的信息改变自身行为，而不依赖视觉或听觉。小说借助这种已知的可能性，使微观个体的集体行动变得可以想象，同时指出细菌的例子无法证实Yrr具备何种能力。
小说明确将推测中的Yrr信号系统描述为阿米巴之间的系统。研究团队分离出一种会促使细胞聚集的化学信息素，并成功合成这种信息素，但他们仍不确定是什么启动了聚集，也不清楚细胞聚集之后沟通如何继续。他们构建的模型为细胞设定了两种受体——一种用于识别某个细胞是否属于Yrr，另一种用于识别它是否健康、能够加入集体。根据这一解释，这种信息素还有第二种、更具破坏性的作用——当有缺陷的细胞被排斥时，它可以充当毒素，触发程序性细胞死亡。这些发现属于小说对Yrr的解释，并非声称细菌使用相同的系统。
不可或缺的作用与进化韧性
小说还通过细菌在生态系统中的日常作用来描写它们。书中将大气中的氧气归因于细菌活动，并把微生物列为维持重要化学元素循环的生物之一。细菌、真菌、原生动物、微小食腐生物、昆虫和蠕虫会分解植物和动物物质，并使其组成成分重新进入生命循环。这使细菌成为复杂生物不可或缺的一环，但这种依赖并非相互的——小说的论点是，没有细菌，人类就无法生存；细菌却没有同等理由非依赖人类不可。
细菌的韧性进一步凸显了这种差异。高度特化的生物在环境变化时可能十分脆弱；书中举出的例子是考拉依赖桉树。相比之下，许多单细胞生物能够熬过冰期、火山喷发以及氧气和甲烷浓度的变化。有些生物可以保持类似死亡的状态数千年，然后恢复活动。沸泉、冰川和地下数公里处都能发现细菌。小说并未将它们描述为不受伤害，而是指出，这些生命形式体型微小、栖息环境多样，因此能够在威胁到体型更大、适应范围更窄的物种的条件下继续存续。
这一叙述质疑了体型或复杂程度意味着进化优越性的假设。在环境变化或大灭绝时期，最依赖特定狭窄条件的生物可能消失，而较简单的生命却能延续。小说并非认为细菌在道德上更高尚，或在意识层面占据主导地位；它要指出的是，生命的延续依赖某些过程，而人类的注意力往往集中于看得见的动物和自身利益，因此很容易忽略这些过程。
水合物、海床与干预的局限
在拉帕尔马岛附近海床开展清除蠕虫的行动时，细菌可能参与地质灾害这一可能性变得具体起来。吸取管运行十六小时后，受扰动的沉积物沉降下来，监视器显示出大理石纹般的熔岩，岩石上有零星的气泡串升起。放大后的图像显示，这些纹理由细菌席组成。其下方的灰色条纹则标示着水合物所在位置。这一场景并未确定细菌渗入了多深；研究团队无法判断它们只是占据了表层，还是已经在沉积物中扩散。
这种不确定性赋予了细菌席叙事上的分量。清除看得见的蠕虫，并不能保证潜在威胁也已消除，因为细菌可能早已沉积在冰中。格哈德·博尔曼担心，要阻止昆布雷维耶哈火山斜坡崩塌恐怕为时已晚，但他仍希望这次行动能够奏效。因此，干预行动遭遇了尺度上的落差——机械设备可以按吨清除生物，却无法立刻揭示海床中微生物活动的范围。
因此，细菌在故事中占据着相互关联的两种位置。它们是维持生命循环不可或缺的参与者，其丰富存在也使海洋成为一个人类难以直接观察的世界。与此同时，细菌席以及水合物层中可能存在的活动，又使微生物成为大陆坡失稳的潜在因素。小说没有将这两种作用简化为“细菌是敌人”的单一论断，而是借此动摇了生命赖以存续的普通过程与人类技术可能无法控制的生态变化之间的界限。
