达尔文提出进化论
自私的基因查尔斯·达尔文提出连贯进化论，被视为人类理解生命为何存在的一次转折。本书并非将这一理论用作对达尔文主义的一般辩护，而是以此为基础探讨自私与利他——自然选择如何解释行为，而不把物种或群体的福祉视为行为的根本目的。
进化——解释生命
论述从生命在地球上漫长存在、却不理解自身起源的时期讲起。查尔斯·达尔文被认为汇集出了连贯且站得住脚的解释，使人们能够不诉诸迷信来回答人类存在的问题。本书将1859年视为一个分界点，并指出在此之前，人们试图回答人类是什么的种种尝试并不充分。
书中认为，进化论本身已确立无疑，但其哲学影响尚未得到充分理解。书中指出，动物学、人文学科和哲学仍未充分面对达尔文理论的含义。因此，本书收窄了论述目的——它不试图泛泛倡导达尔文主义，而是探讨进化对自私与利他的生物学意味着什么；这些议题延伸至社会生活，包括合作、冲突、慷慨以及从他人处获取利益。
从群体利益到选择
本书的论证着眼于纠正一种解释方式——这种解释把物种或群体的利益视为进化的主要驱动力。这种推理可能源于父母为幼体作出的明显牺牲，以及繁殖延续物种这一熟悉观念。但书中指出，从繁殖的结果推断繁殖具有所谓进化目的，再据此断定动物通常是为了物种而行动，是一连串错误推论。
解释利他行为时，选择发生的层次尤其重要。如果物种之间存在竞争，个体似乎就像可以为更大群体牺牲的棋子；理论上，成员愿意作出这种牺牲的群体，可能比竞争群体延续更久。针对这种解释，本书追问自然选择实际偏向什么，并主张选择的基本单位既不是物种，也不是群体，严格说来甚至不是个体，而是基因。本书借鉴G. C.威廉斯的研究，并将这一立场与奥古斯特·魏斯曼早先提出的种质连续性学说联系起来。
这一转变并非声称生物体或群体并不真实，而是改变了解释的焦点——持久不断的竞争发生在遗传复制者之间。这一视角提供了一个框架，既能解释表面上自私的行为，也能解释个体的利他行为，而不必假定两者都是为了物种利益而受到选择的。
稳定形式与遗传复制者
本书将自然选择的最初起点置于生命出现之前。分子可以在通常的物理和化学过程中形成稳定模式；稳定形式得以持续，不稳定形式则会消失。对稳定排列的这种选择不需要设计、目的或方向。随后，达尔文更广泛的理论从分子复杂性缓慢积累所到之处接续展开；不过，由于当时没有观察者，任何关于生命起源的解释仍属推测。
在现代生物体中，基因并非各自独立地构建生物体。一台生存机器包含数千个基因，身体发育是一项合作过程，基因彼此之间以及基因与环境之间都会发生相互作用。有性繁殖不断打乱并重组基因组合，因此个体身体只是暂时的载体，而其中的基因可能历经许多代身体而延续。交叉互换可以交换染色体片段，甚至发生在蛋白质编码单位的边界之内；因此，本书将基因界定为一段染色体物质，而不只是一个顺反子；这段物质能够延续足够多代，从而作为自然选择的单位发挥作用。
这一差别也使“某个基因是为了某种行为或身体特征”的说法有所限定。没有单个基因能够构建一条腿，也没有单个基因能够独立造成整个行为。更确切地说，在其他基因与环境条件相互作用的情况下，某个基因可能影响发育，使其相对于等位基因产生某种差异倾向。因此，基因中心论证讨论的是遗传差异及其后果，并非声称基因单独决定每一种结果。
从基因到行为与适应
基因通过塑造生存机器和神经系统，间接影响行为。大脑作出即时决策、进行学习，也能够预期未来状况；基因是主要决策者，大脑则是执行者。然而，要使某种行为模式进化，影响行为发育的基因必须比竞争等位基因更成功地延续。本书强调，当时缺乏遗传性利他行为的直接实验依据，因此转而以蜜蜂的一种复杂行为为例，说明行为特征如何遗传。
在W. C.罗森布勒对蜜蜂的研究中，有些品系会把受感染的幼虫从巢房和蜂巢中清除，易感品系则不会。这一过程包括发现患病幼虫、打开巢房封盖、移出幼虫并将其丢弃。第一代杂交蜂群没有表现出完整的卫生行为，但回交产生的蜂群有的完全表现卫生行为，有的完全不表现，还有的表现居中——它们会打开巢房，却不移出幼虫。罗森布勒推断，打开封盖和移出幼虫分别受到不同遗传因素的影响。他亲自移除封盖后，表面上没有卫生行为的蜜蜂中有一半随后实施了移除行为；这一结果支持这样的解释——其中一种行为成分原本存在，只是缺少另一种成分便无法表现出来。
基因中心视角也改变了对生物体身体之外的适应的描述。祖先石蛾基因若促使石蛾建造有效的保护性住所，就可能因为携带这些基因的个体所造住所的差异而受到选择，尽管住所并非身体组织。本书指出，石蛾住所的遗传学尚未得到直接研究，但提出适应需要存在可供选择作用的遗传变异。从这个意义上说，可以说基因影响了所建住所的特征，正如基因影响身体特征一样。
同一框架也用于解释会改变宿主的寄生生物。对于寄生吸虫影响蜗牛壳这一现象，一种解释是，宿主存活率提高可能同时有利于两方的基因，而繁殖减少带来的代价各不相同——蜗牛基因的延续取决于蜗牛的后代，寄生吸虫的基因则没有特别的理由期待由这些后代携带。本书将此解释作为可检验的推测，而非已获确证的结论。本书还描述了Nosema微孢子虫在甲虫幼虫体内产生一种与保幼激素非常接近的化学类似物，阻止幼虫正常发育为成虫，形成有利于寄生虫繁衍、而非有利于甲虫基因的巨型幼虫。
范围与意义
这一论证也提醒人们注意证据与解释。动物故事可以说明自私或利他行为的含义，却不能仅凭自身证实普遍性主张。同样，某种行为表面上的用途并不能证明某种特定的进化解释——一种看似合理的群体利益理论，必须与基于基因和个体间竞争的解释加以权衡。例如，书中讨论温恩-爱德华兹的理论时，承认其表面上颇具合理性，但认为其例证同样可以用更为正统的基因中心解释来说明。
贯穿本书各个例证的关键区别，在于可见结果与可能使这种结果得以持续的遗传过程不同。某种行为可能看起来有利于群体，某种适应也可能使生物体受益，但进化解释所要追问的是哪些遗传差异得以传递，以及在什么条件下传递。因此，查尔斯·达尔文的决定性贡献不仅在于解释生命的历史，也在于使人们能够用新的方式分析行为——将表面上的目的置于选择的检验之下，而不是从结果中预先假定目的。
