约瑟夫·门格勒并非死于羁押之中，也不是在法庭前身亡，而是于1979年2月7日在巴西近海溺亡。他的同伴沃尔夫拉姆·博瑟特试图营救他，却未能阻止他溺水身亡。这一结局为约瑟夫·门格勒的逃亡生涯画上句号，也凸显了鲜明的失衡——他的罪行已有记录，他的资历也遭到否定，但他从未因此受到审判。

罪行及其辩护

在奥斯威辛集中营，约瑟夫·门格勒在集中营的吉卜赛人营房里，对双胞胎和侏儒实施痛苦的医疗处置与实验。这些处置包括血液检查、脊椎穿刺，以及在双胞胎之间输血。为了对他们的身体进行比较检查，双胞胎会同时被杀害。随后，他们的器官被送往柏林达勒姆的威廉皇帝人类学、人类遗传学与优生学研究所，包装上标注着“紧急战时物资”。

米克洛什·尼斯利的记述称，1944年秋，即便德国当时已经战败，约瑟夫·门格勒仍在火葬场的解剖室继续这项工作。他长时间检查标本、查阅档案。他格外留意档案封面上一小块油渍，并显然对此细心收集；这一细节将他记录档案时的整洁，与档案所记载的暴行并置在一起。

多年以后，面对罗尔夫的质问，约瑟夫·门格勒将自己的所作所为描述为服务于德国科学的军事职责。他声称，筛选救下了能够劳动的人，而双胞胎也从他的研究中受益。他的解释将杀戮重新包装成生物学上的必要之举，并把受害者说成科学事业的工具；罗尔夫仍然无法理解这番说辞。

被撤销的资历

1964年初，约瑟夫·门格勒从玛莎的一封信中得知，法兰克福大学和慕尼黑大学已撤销他在医学和人类学领域的博士学位。两所大学给出的理由是，他违反了希波克拉底誓言，并在奥斯威辛集中营犯下谋杀罪。学位撤销正式否定了曾帮助界定其职业身份的学术地位，却仍未使他受到刑事审判。

最后一天

1979年2月7日，约瑟夫·门格勒醒来时已筋疲力尽，且身体极为不适。尽管背痛，他还是穿好衣服，走到自己下榻的度假屋附近的海滩。博瑟特向他打招呼，并邀请他到遮阳伞下休息，还为他提供柠檬水和食物。约瑟夫·门格勒却提议沿岸散步。他似乎神情恍惚，对博瑟特的谈话也不怎么留意。

坐在一块岩石上后，约瑟夫·门格勒开始谈起废墟、自己的父母和贡茨堡。他说自己想回家度过余生，并抱怨口渴和炎热。这番谈话让人最后得以一窥他对家乡的依恋，却没有使他开始面对受害者或自己的过往。

随后，约瑟夫·门格勒独自下水，被海水带向更远处。博瑟特在浪中艰难前行，试图将他带回岸边时，约瑟夫·门格勒已经身亡。对这一经过的描述是溺亡，而非与追捕者相遇或承担法律责任——他在海岸发生意外后死去，博瑟特虽在场，却无法救他。

后续及意义

听到消息后，莉泽洛特和孩子们称他为佩德罗叔叔，并说他已经死了。这个亲切的家庭称呼，与他从未为之交代的罪行形成了令人不安的对照。记述最后指出，约瑟夫·门格勒在巴西去世，未曾受到世人正义的审判，也未曾回应受害者。他的死终结了他被捕并受审的可能，却没有抹去那些实验，也没有消除传播实验成果所经过的制度关联。