后天获得特征不遗传原则
自私的基因后天获得特征不遗传原则认为，个体在一生中获得的特征或知识，不会因此通过遗传传给子女。在《自私的基因》中，该原则区分了生物体短暂的身体与经历，以及在连续世代中延续的遗传物质。这并不意味着基因单独决定身体或每一个行为——基因的作用是在发育过程中通过复杂的相互作用产生的，而基因对行为的影响则是间接的。
定义与发展
基因间接引导蛋白质的制造；蛋白质构成身体大部分物质结构，并调节细胞内部的化学过程。这些过程促成身体的发育，但从遗传指令到生物体的路径十分复杂。该解释明确反对一种观点，即任何单个基因都能独自构建整个身体部位——发育是一项协作过程，涉及许多基因和环境条件。不过，在其他相关因素保持不变时，某个基因仍可能影响某种特征，例如，相较于另一种等位基因，它倾向于产生较长的腿。
该原则源于身体发育与遗传物质传递之间的区别。一生中获得的知识和智慧不会通过遗传方式传给子女；每一代都从遗传而来的遗传信息重新开始。因此，身体被描述为基因以相对不变的形式保存自身的一种途径，而不是一份记录个体后天经验、并将其写入后代基因的档案。
基因、身体与世代
该原则与一种基因理论并存——基因是寿命长久的复制者，而它们在个体身体中的组合只是暂时的。一台生存机器包含许多基因，身体的形成取决于它们错综复杂的相互作用——一个基因可以在身体不同部位产生作用，而任何一个身体部位都可能受到许多基因的影响。性繁殖还会混合并重组基因，因此，个体特有的基因组合存在时间很短，但构成该组合的基因可能继续通过许多连续的身体传递下去。
重组使这一区别尤其具体。在精子或卵子形成过程中，父源与母源染色体的对应片段可能发生交换，产生由遗传物质拼合而成的镶嵌染色体。交换可以发生在编码蛋白质的序列内部，而不遵循基因之间整齐、固定的边界。因此，书中采用一种功能性定义——基因是染色体物质的一段，只要它能延续足够多的世代，就可以作为自然选择的单位。能够延续的并非不变的个体身体或其后天获得的特征，而是能够跨世代复制和重组的遗传物质。
遗传、选择与行为
该原则也阐明了书中对遗传影响与有意识控制的区分。基因影响身体和神经系统的构造，但神经系统作出每时每刻的行为决策。只有当影响某种行为可能性的遗传差异，比其他变异更成功地在基因库中延续时，该行为模式才可能进化。这一论述涉及影响行为的因素如何遗传和受到选择，并非指某个个体获得的行为或教训会被复制进其后代的基因。
书中对蜜蜂卫生行为的讨论，展示了它所援引的遗传变异类型。有些品系会找到患病的幼虫，揭开其巢房的蜡盖，取出幼虫并将其丢弃；易感品系则不会完成这一系列行为。在W. C.罗森布勒的育种实验中，第一代杂交蜂群没有表现出卫生行为，尽管相关基因以隐性形式存在。回交培育产生的蜂群，有的完成了整个行为序列，有的完全没有表现，还有的会揭开巢房却不移除幼虫。罗森布勒亲自揭开蜡盖后，表面上不具卫生行为的蜂群中，有些蜜蜂继续移除了幼虫。这个例子将行为呈现为一种复杂特征，其遗传组成部分可以彼此分离，而不是一种简单、不可分割的行为，也不是一种通过遗传传递的后天特征。
范围与意义
该原则属于一项更广泛论证的一部分，反对把进化描述当作道德训诫。该书区分了这样一种主张——基因往往通过自私效应取得成功——与建议人类自私行事。人类仍然能够慷慨并彼此合作，但这些行为并非被解释为通过遗传传下来的后天品质。相反，这种解释将遗传效应、发育、环境条件和行为视为因果链条中的不同环节，同时提醒读者，不要把“某种特征的基因”之类的实用说法，误解为某个基因是该特征的唯一成因。
这一区分也避免人们把书中目的论式的措辞当真。基因没有意识，不会制订计划；谈及基因“试图”实现什么，只是对遗传变异差异性延续的简写。后天获得特征不遗传原则为这种简写划定了明确界限——基因可以塑造生物体行动所依赖的身体和神经系统的发育，但个体后天获得的知识与经验不会因此成为下一代的遗传指令。
