天主教会
骨骸遗产天主教会在小说中影响深远，不仅是宗教权威，也是其仪式与界限塑造了巴斯坦山谷生活的一个机构。它的历史以排斥阿戈特人为标志，而其圣礼和教义则为人物理解婴儿夭折、亵渎和邪恶提供了话语。叙事也将这些层面彼此区分——教会实践、地方信仰，以及个别神职人员或临床医师的论述，并不构成一套统一教义。
阿戈特人的历史性排斥
几个世纪以来，居住在博萨特的阿戈特人被禁止正常参与社会生活，教会非但没有减轻他们遭受的边缘化，反而予以强化。尽管他们是遵守天主教仪式的基督徒，却被视为外人——他们不能走近祭坛，在有些教堂里还必须从一扇较小的侧门进入，并待在中殿后方。在巴斯坦谷阿里斯昆，一道栏杆将他们与其他礼拜者隔开。单独为他们设置的洗礼池，即使在整个社群共同参与的圣礼中，也标示出他们的异类身份；为他们使用的圣水则会被倒掉。
这种歧视属于一套更广泛的限制制度，并非仅仅是仪式上令人不快的差异。阿戈特人被限制在博萨特居住，不得拥有商铺，也不得与本群体之外的人通婚，还被迫从事被认为不洁的行业。他们必须佩戴身份标记；与被视为麻风病患者的人一样，还必须摇铃通报自己的到来。阿玛娅·萨拉萨尔将他们遭受的对待与其他受污名群体受到的迫害相提并论，并提到被指控为女巫的妇女曾在巴斯坦山谷遭到焚烧，有时告发她们的甚至是自己的邻居。教会在排斥阿戈特人一事中扮演的角色，是更广阔历史的一部分——宗教权威与社会恐惧可能彼此强化。
教宗的一道敕令最终承认阿戈特人有权受到与其他邻居同等的对待，并呼吁终止歧视。但这项干预并未抹去伤害——地方习俗和信仰延续下来，歧视也持续了多年。在调查巴斯坦谷阿里斯昆发生的亵渎事件时，遭到破坏的物品让这段历史变得清晰可见。洗礼池、专供贵族使用的前排长椅，以及祭坛布，都分别指向阿戈特人曾被排除在外的做法或空间。因此，这些亵渎事件唤起的是一段具体的地方宗教隔离史，而非对圣物的泛泛攻击。
洗礼、婴儿夭折与地方信仰
天主教洗礼也为围绕马伊鲁古族-beso（婴儿遗骨护符）的民间信仰提供了宗教背景。乔南·埃查伊德解释说，根据这一传统，这种物件必须取自未受洗便夭折的婴儿；成年人的骨头不符合条件。人们认为它的力量既来自孩子的年龄，也来自孩子接受圣礼的状况。文中将这种信仰描述为民间巫术传统，而非天主教的官方教义。
这种区分很重要，因为洗礼既具有宗教意义，也具有社会意义——按照乔南的说法，洗礼标志着一个人加入基督教社群。教会对于患病或濒死婴儿有相应规程，并不会为他们施洗；而婴儿死亡率居高不下，也促使家庭尽早为新生儿施洗。未受洗便夭折的孩子可能被葬在墓园围墙外，或葬在路边十字架脚下，与被视为在宗教或社会层面遭到谴责的人葬在一起。因此，圣礼所划定的纳入与排斥界限，不仅延续于生者的待遇，也延续于死者的安葬方式。
地方信仰认为，未受洗的新生儿处于两个世界之间，既无法进入天堂或地狱，也不能回到它原本来自的炼狱。在一些说法中，孩子的灵魂会留在家中，成为守护家人的存在。家人可能会保存孩子的摇篮，为它在餐桌旁留个位子，或摆上一盘食物；但他们害怕把孩子的衣服或名字交给后来出生的手足，会招来死去的孩子向这个手足索命。这些习俗显示，天主教关于洗礼和死后世界的观念如何与家庭实践交织在一起；这些实践既非单纯复现教会教义，也无法与其整齐吻合。
圣地与亵渎
在调查中，教会建筑与象征之所以重要，是因为它们成为目标，而其意义取决于宗教实践。乔南将以墓地为中心、与海地沃杜教、巴西坎东布雷教和古巴帕洛·马永贝教等传统相关的仪式，与针对基督教圣殿的行为区分开来。按照他的说法，撒旦教徒选择教堂，是因为他们意图冒犯的不仅是场所本身，也包括上帝；这类亵渎并不常见。更普遍而言，亵渎者可能用体液或灰烬玷污圣像、倒置十字架，或毁坏雕像，以制造醒目且冒犯性的景象。
他以阿兰萨达的一座小教堂为例，具体说明两者的差别——闯入者破门而入，砍下备受敬仰的圣母像的双手，把它们扔下悬崖，却没有带走雕像。蓄意造成的破坏让行为更为显眼，也更具侮辱性。相比之下，在巴斯坦谷阿里斯昆一案中，教堂陈设遭到破坏的意义在于它们与阿戈特人过去受到的对待有关。因此，圣地并非中性的背景——其中的物品留存着记忆，记载着谁获准进入、谁被隔开，以及谁被拒之门外。
邪恶的宗教解释与现代机构
小说还通过萨拉索拉医生呈现一种现代神学解释，但不应将他的主张误认为天主教会的正式政策声明。萨拉索拉认为，有些人不只是精神疾病患者，而且残忍，甚至以造成痛苦为乐；他说，在这种情况下，是邪恶引发或滋养精神疾病，而非精神疾病解释了邪恶。他提及教会数百年来对邪恶的探究，并将其与现代精神医学相对照；他指责现代精神医学把异常行为当作疾病，并混淆解释与开脱。
萨拉索拉还抨击弗洛伊德的影响，以及人们倾向于把不当行为归因于童年缺乏母爱。他以七宗罪——傲慢、贪婪、嫉妒、愤怒、色欲、暴食和懒惰——作为辨认道德责任的词汇，并告诉阿玛娅，社会与上帝及教会渐行渐远，因而更难辨认邪恶。阿玛娅内心的反应使这番对话更为复杂——他的话为她一直以来对母亲怀有的恐惧说出了名字，但他的笃定也令她不信任他。这一情节呈现出宗教语言在情感上的强大力量，却没有证实萨拉索拉的理论是客观真理。
阿玛娅调查大学诊所为监狱提供的服务时，这一区分变得十分重要。监狱档案显示，哈松·梅迪纳和拉蒙·基拉尔特接受过治疗；一份关于在狱中自杀身亡的洛格罗尼奥杀妻案囚犯的报告，则带有精神科无法辨认的签名。阿玛娅发现，萨拉索拉签署的报告没有注明指定精神科医生的姓名，因此怀疑诊所的监狱志愿服务可能被用来辨认暴力囚犯，并将他们视为特别符合诊所对邪恶的关注。她还就弗朗茨医生反对将罗萨里奥转入诊所一事质问萨拉索拉，并提到弗朗茨据称打算向他提出质询。这些是针对萨拉索拉和诊所的调查指控，并不能证明天主教会指挥了这项计划。天主教会更广泛的意义始终被有意呈现为多层次的——它有留下记录的排斥历史，为地方习俗提供圣礼框架，也提供道德话语，让个别人物据此理解并争论邪恶的本质。
