Yrr细胞聚集体
群Yrr细胞聚集体是单个细胞聚集成协调一致集体的过程；它使Yrr的智能既显现为一种生物学上的可能，也成为一种真实存在。这个概念从与会交流的细菌作比较，发展到对学习细胞进行计算机模拟，最终呈现为一个庞大的蓝白色云团向凯伦·韦弗的Deepflight机翼式载人潜航器潜水器汇聚。在这次遭遇中，集体包围了潜水器，裹住携带yrr信息素的米克·鲁宾，随后放开潜水器并撤离。它的行动显示出反应能力，却没有让其动机变得完全可辨。
生物学模型与集体智能问题
人们最初通过与细菌交流作比较，才开始设想聚集现象的可能性。苏·奥利维拉介绍了黏球菌——一种生活在土壤中的细菌，会以松散的群体移动。当单个细胞找不到足够养分时，就会释放化学饥饿信号。发出信号的细胞越来越多，信号强度便逐渐上升，直到超过某个阈值；随后细菌群聚拢起来，形成一种称为子实体的复杂多细胞结构，肉眼即可看见。这个例子提供了一种机制，说明简单生物如何在没有中央控制者的情况下实现协调——单个化学信号可以累积成集体反应。
这种类比并不能确定细胞聚集体是否能够思考。此前，莱昂·阿纳瓦克提出异议，认为单细胞生物似乎不太可能产生能将它们吸引到一起的压力波；苏提到的细菌实例，则使讨论转向化学交流。问题不止于聚集——大量细胞能否成为更高层次的实体、其成员如何交流，以及它如何学习。凯伦·韦弗将这些问题带入计算机研究，同时面对一种既有假设——单细胞生物无法发展出创造力或自我意识。大量细胞在数量上或许相当于一颗大脑或一个身体，但尚未解决的问题是，聚集能否产生认知，而不只是协调。
模拟中的学习型集体
凯伦·韦弗和莱昂·阿纳瓦克的模型通过将学习视为细胞自身的属性，来回应这个问题。他们为虚拟变形虫编写程序，使其拥有持续发生变异的电子脱氧核糖核酸。依照他们的说法，这使脱氧核糖核酸具备学习能力——只有在个体单元获得这种能力后，他们重建的神经网络计算机才能作为整体运作。模型设计中还加入了一种化学气味，其基础是苏先前描述过的信号传递。
模拟还让细胞能够在三维空间中移动，并使其处于旨在模拟深海的条件之中，包括压力、洋流和摩擦。化学信号只是模型细胞形成集体的部分机制。苏和西古尔·约翰森还发现，Yrr扩增子在一些微小的超变异脱氧核糖核酸区域中存在差异。凯伦·韦弗和莱昂·阿纳瓦克提出，细胞形成后会改变自身的脱氧核糖核酸；这些可变区域充当识别其他成员、辨别其所属集体的编码。因此，该模型将聚集与交流和成员身份联系起来——细胞必须能够发送信号，也必须能够将自身所属集体与其他集体区分开来。
跨代记忆
当西古尔·约翰森将超突变脱氧核糖核酸与记忆联系起来时，聚集这一解释便有了更深远的意义。他提出，Yrr在侏罗纪初期左右获得意识，此后一直储存知识。人类文化依靠语言、书面记录和图像保存经验，而Yrr的记忆则储存在基因组中。一个细胞分裂时，其信息会复制到后代细胞中。因此，新细胞继承的不只是抽象记录，还包括早先细胞累积的经验，仿佛它们亲身经历过这些经验。
西古尔·约翰森将这种遗传描述为集体记忆——信息通过细胞分裂持续保存，并影响未来的反应。集体能够比较过去的结果，调整并完善策略，从错误中学习，并依据保留下来的信息采取行动。这有助于解释为什么聚集不只是生物暂时聚成一团。按照小说中的解释，它也是分散的细胞生命保存知识、随时间推移协调行动的一种方式。与人类的对比十分鲜明——人类个体的心智会随身体死亡，而Yrr的知识则能在集体中延续。
凯伦·韦弗与集体的相遇
韦弗潜水时，这一理论立刻有了切实的物理表现。她起初看见远处有一片微弱的蓝光；光芒升起、散开，随后消失。它再次出现时，距离更近，范围也更广，并在她的船上方弯拢。起初看似逐渐消退的光，实际上正在成为一个更大云团的一部分，向她逼近。韦弗意识到，若想带着船上的鲁宾脱身，就必须离开海床。
她调整Deepflight机翼式载人潜航器潜水器机翼的角度，启动螺旋桨。潜水器擦过海床，搅起沉积物，随后升离海底。韦弗从潜水器中看见Yrr正在聚集；这个集体规模庞大，蓝白色光芒从四面八方逼近。她知道这种胶状物能够收缩成强韧的弹性组织，因此担心被困其中的船只会遭遇什么。Deepflight机翼式载人潜航器潜水器升到海床上方十米时，仍被团团包围。
集体从四面八方逼近潜水器，并裹住鲁宾，在艇身周围变得凝实。随后，潜水器被放开。胶状物撤退的速度与它逼近时一样快；这种突如其来的逆转，在韦弗看来近似于沮丧——如果人类情绪能近似描述集体的反应的话。鲁宾未能幸存。这次遭遇在意图层面仍未得到解释——集体协调一致地逼近并撤退，这一点显而易见，但情景并未说明它理解了什么、想要什么，或感受到了什么。
意义
聚集将小说中关于非人类智能的抽象问题，与一场无法被简化为实验室假说的真实事件联系起来。细菌子实体提供了一种自然类比；韦弗的模拟检验学习和识别能力如何可能在细胞间显现；深海遭遇则呈现出一个集体，其规模和协调一致的行动超出了人类观察者对单个生物体的通常认知。这些阶段深化了同一个问题，却没有将其消除——人们能够观察到协调行为，也能够提出其可能机制，但集体的主观体验仍然无法触及。
这一刻也赋予“聚集”一词双重含义。聚集意味着Yrr集合成一个可见的整体，同时也指一种存在方式——记忆和行动属于分布式集体，而非单一身体。尽管这一幕印证了潜水器周围的致命危险，Deepflight机翼式载人潜航器潜水器仍被放开。这种反差使这次遭遇不只是力量的展示——它表明集体具有反应能力，但人类只能推测这种反应的含义。Yrr作为一个集体变得可感知，却仍难以作为心智被理解。
