海洋哺乳动物受神经控制
群海洋哺乳动物受神经控制，是Yrr将活鲸变成协同攻击工具的假定机制。现有证据将这种控制与普通的动物攻击行为区分开来——鲸仍然活着，但它们的行为似乎受到一种侵入性生物物质的支配，使它们无法对危险或疼痛作出正常反应。这一区别改变了袭击的意义。鲸并非只是选择威胁人类和船只；它们也是行为遭到操控的生物之一。
观察到的行为与控制问题
这些袭击难以用求生反应来解释。雷·芬威克指出，动物的攻击行为通常可以服务于求生策略，例如逃跑，但鲸类袭击并未呈现这种模式。他称鲸类的行为近乎自杀，而军方对声呐的使用经验也带来了相关疑问——即使噪声似乎使鲸类承受剧烈痛苦，它们也不逃离。鲸类没有退却，说明它们的反应未能正常发挥作用，而不只是攻击性格外强烈。
西古尔·约翰森不愿将这种行为视为毫无意义。针对雷·芬威克最初的解读，他认为即使眼前的行动看似自我毁灭，更大范围的行为模式背后仍可能存在一种求生策略。这一分歧十分重要——从单只鲸的角度看似不理性的攻击行为，可能服务于一场更大规模的生物行动。约翰森的解释将注意力从鲸看似具有的意图转向支配其行为的系统。
假定的生物机制
约翰森提出，一种胶状组织能够侵入活体动物的神经网络，并影响它们的行为。按照这一解释，这种物质会在鲸仍然活着时影响它们，改变它们的行动，而不只是使它们患病或死亡。这种解释将神经控制纳入一系列更广泛的生物适应之中；这些适应被归因于Yrr——生物会被改变或部署以执行特定功能，其行为由此可以服务于超出单个生物体求生需要的目的。
这种假定的物质在不同种类的动物身上似乎也会产生不同作用。约翰森描述，这种胶状物质会引导螃蟹和龙虾的运动；这些生物的身体并非像普通活体动物那样运作，而更像是神经系统不完整的外壳。相比之下，鲸被描述为活着的生物，其行为受到神经系统的影响。这一区别很重要——这一解释没有把所有受袭动物都归结为同一种生物机器，而是假定存在一种操控活鲸的方式，同时将其他生物描述为用于移动或运输的载体。
现有证据尚未确定这种物质改变鲸类行为的确切过程。约翰森称它会影响动物，但相关叙述没有说明完整的神经通路，也没有解释具体指令如何传达。因此，这一理论提供的是一种功能性解释——侵入性生物物质能够干扰或引导行为——而非一幅得到充分证实的控制机制图谱。
集体信号传递与生物协调
对Yrr交流方式的讨论，则提出了另一种相关解释，说明生物协调可能如何运作。苏·奥利维拉解释说，当单个细菌细胞缺乏足够营养时，有些细菌会释放化学信号。随着信号增强，菌群聚集并形成更大的聚合体。这一例子为简单生物之间的化学交流提供了已知模型，但它本身并不能证明Yrr如何控制鲸类。
苏·奥利维拉对Yrr细胞的分析描述了一种信息素——它通过与一种通用受体结合，引发聚集。她还指出存在另一种受体，该受体与能够加入集体的健康细胞有关。在她的模型中，信息素有助于识别并聚集Yrr种群；缺少适当受体的缺陷细胞则会被排除并死亡。这些发现表明，协调是通过细胞信号与识别建立起来的过程，而非借助口语进行交流。
这一细胞层面的解释与有关神经侵入的假说同属一幅更大的生物组织图景，但不应夸大二者之间的联系。证据指出了信息素在聚集中的作用，也讨论了胶状组织对其他生物的影响；但证据并未确定聚集信息素本身就是控制鲸类的物质。不过，这些解释结合起来，说明了小说如何让集体行动在物质层面显得合理——协调可以通过化学信号和生物机制产生，并在低于单只动物有意识意图的层面运作。
军事后果与人类应对的局限
美国海军对鲸类发动声呐攻势，揭示了这一解释在实际中的后果。相关行动仍在继续，但官员并不预期它会取得显著成效。声呐似乎只有通过杀死鲸类才能发挥作用，因为鲸类并不像本能正常运作的生物那样逃离噪声。因此，这种策略可能伤害那些正是它意图制止其袭击的动物，却无法恢复它们对自身行为的控制，也不能可靠地消除危险。
这种失败也揭示了人类在这场危机中的权力局限。袭击仍在各片海域持续发生，而军方现有的应对方式可能杀死本身受到外部控制的鲸类。约翰森的解释表明，这一困境不仅是战术问题——眼前的袭击者可能并非作出袭击决定的主体。这一区别使敌人与受害者的说法变得复杂，也意味着把鲸类视为自主攻击者的政策可能适得其反。
意义
神经控制赋予鲸类袭击双重含义。从表面看，这些动物对人类和船只构成威胁；从另一层面看，它们异常且看似自我毁灭的行为，证明一种更庞大的智能能够通过活体行动。故事由此将可观察到的攻击行为与行动自主性区分开来——生物可能执行袭击，却并不控制自己的行动。
这一机制还将个体身体的尺度与集体策略的尺度联系起来。化学信号可以使单个细胞聚集，而生物物质也可以改变体型大得多的动物的行为。因此，鲸类的行动并非孤立的动物暴力事件，而是一场危机的一部分；在这场危机中，生物体、工具与参战者之间的界限变得模糊。与此同时，证据仍未厘清确切的神经过程，使人类日渐连贯的解释与其验证或反制这一现象的有限能力之间，依旧存在一道鸿沟。
