Ministry of War (France)
军官与间谍法国战争部是部长和军事权力的所在地，调查夏尔·费迪南·瓦尔桑·埃斯特哈齐一事最初在此获准，随后又受到限制。该机构的重要性不仅在于其指挥体系，也在于它对档案、人员和调查范围的控制——官员可以承认针对阿尔弗雷德·德雷福斯的案件存在薄弱之处，同时仍设法阻止这些问题促使案件重启。
部长权力与指挥链
战争部既是工作场所，也是一个等级体系。其正式指挥链从战争部长延伸至总参谋长，再到担任情报部门主管的夏尔-阿蒂尔·贡斯，最后由贡斯传至乔治·皮卡尔。贡斯援引这条指挥链，正式命令皮卡尔停止调查任何与德雷福斯案有关的事项，并禁止向未经授权的人透露信息。皮卡尔敬礼后没有答话便离开；这个小小的举动表明，接到命令并不等于接受命令背后的前提。
战争部长的官邸也是展现这种权力的场所。部长休假归来后接见了皮卡尔，皮卡尔向他摆出案件材料。部长打趣说文件数量惊人，并表示如果他们关押了错误的人，军队和国家都将承受深远后果。他同意皮卡尔继续调查埃斯特哈齐，包括追查调查可能引向的任何线索。这项许可影响重大，却并不稳固——后来，战争部指示皮卡尔交出调查材料，并前往沙隆，随第六军和第七军进行视察。
档案、证据与信息控制
秘密档案体现了战争部界定何为证据的权力。皮卡尔打开信封时，里面有五份文件。其中一份报告声称，德雷福斯在隶属第一局期间接触过要塞计划，暗示他可能将其取走，并称这些计划先后落入德国驻巴黎大使馆和意大利武官手中。然而，档案并未直接指认德雷福斯为叛徒；它最接近这种指认之处，是在一条贬损“D”的文字旁附上一个首字母。皮卡尔认为，针对德雷福斯的案件依赖的是情境推断和影射，并质疑这些计划是否可能在无人察觉的情况下被取走、复制后再放回。他还指出，档案所列日期与德雷福斯在该部门任职的时间并不相符。
其他情报记录动摇了这一指认。皮卡尔秘密搜查档案时，发现于贝尔-约瑟夫·亨利关于一名代号为“D”的情报人员的1894年4月报告。亨利在报告中称，印刷商雅克·迪布瓦可能是那些已公开流通的计划的来源，并建议不再采取行动。皮卡尔由此得出结论：“D”是迪布瓦，而非德雷福斯。这项发现之所以重要，在于皮卡尔能够查阅档案——足以质疑秘密档案的记录，恰恰存放在曾用该档案为定罪提供支持的同一套情报系统之中。
战争部对证据的控制还涉及保管与流转。皮卡尔提交奥古斯特特工相关材料后，贡斯安排亨利直接把材料交给自己，而不是交给皮卡尔，从而接管了皮卡尔所称的部门最重要的消息来源。后来，比约要求皮卡尔把与埃斯特哈齐调查有关的文件，包括埃斯特哈齐收件的蓝色短电报，交给亨利。贡斯拿走皮卡尔办公室的钥匙，并表示亨利将接手该部门的日常事务。这一移交既把调查人员排除在外，也剥夺了他查阅调查档案的权力。
许可、收紧与制度自保
随着调查可能将埃斯特哈齐与最初的指控联系起来，战争部的应对也随之改变。在贡斯家中的一次汇报会上，皮卡尔拿出蓝色短电报、监视照片和秘密档案。他承认自己提及蓝色短电报送达时间时改动了日期，试图让这项材料显得不那么挑衅，但同时报告说，秘密档案无法证实德雷福斯有罪。贡斯的答复是叫他不要再管边境信，同时仍允许他另行调查埃斯特哈齐。这种区分维持了仍在调查的表象，却排除了可能把新嫌疑人与旧案联系起来的证据。
贡斯后来承认，德雷福斯案调查的处理方式不够专业，并以让·桑赫尔患病和阿尔芒·杜帕蒂·德克朗的行为为由解释。尽管如此，他仍辩称不能重启调查，因为那会重新揭开旧伤，并有使国家分崩离析之虞。他劝皮卡尔接受的是息事宁人，而非纠正错误。皮卡尔不肯接受这一限制后，贡斯便将分歧重新界定为服从军令的问题——军队不是辩论伦理问题的场所，命令必须沿指挥链逐级下达。
制度层面的优先事项进一步加剧了这种压力。有人以即将为沙皇举行外交招待会，以及正在进行的六亿法郎预算谈判为由，要求不要被案件分心。德雷福斯案被描述为对军队及其责任人仕途的威胁。由此，战争部将保持沉默与维持现状说成必要之举，即使现有档案已令人怀疑德雷福斯被监禁的依据是否成立。
对调查的影响
信息封锁的企图，因相关信息已在核心圈子之外流传而变得更加困难。皮卡尔数出十九名知晓秘密档案的人，再将马蒂厄·德雷福斯列为第二十人，并意识到马蒂厄可能已经告诉了其他人。他想到，摄影、电报、铁路和报纸印刷机的发展，使保密越来越难以维持。他推想，泄密或许能证明自己的立场正确，但也可能激得贡斯和拉乌尔·勒穆东·德·布瓦德弗尔惊慌失措，进一步收紧调查。
战争部的做法并未解决证据上的冲突，而是限定官员愿意审查的范围。在之后的一次调查中，皮卡尔询问，自己是否会被问及埃斯特哈齐显然亲笔书写边境信的证据，包括政府专家所作的笔迹比对；或者是否会被问及用于给德雷福斯定罪的档案中被伪造的材料。调查方宣布，前者不在调查范围之内。这一事件为该机构一贯的做法画上句号——权力不仅决定谁掌握文件、谁负责调查，也决定调查获准讨论哪些事实。
