日本基督教的脆弱地位
幕府将军基督教在日本处境危险的的根源在于一种矛盾——这种信仰迅速传播，尤其是在九州，但神职人员、改宗者及其机构能否安全，全取决于政策可能骤然改变的统治者。保护既非普遍，也无保障。它须通过地方权威、对外贸易和政治交易来协商——而日本改宗者所面临的危险可能比向他们传教的外国神父更大。
太阁治下的政策反复
罗德里格斯描述了一段限制与宽容交替出现的历史。按照他的说法，太阁起初下令神父离开日本，并将他们召集到长崎，准备遣送至澳门，同时附上书面指示，规定他们不得返回，违者处死。随后，这道命令并未得到执行——神父获准留下，许多人在九州定居，并受到欢迎。罗德里格斯说，太阁没有改宗，只关闭了少数教堂，并且只放逐了两三名基督教大名，表面上的理由是要夺取他们的领地。这种看似恢复常态的局面并未持续。罗德里格斯回忆说，在这次谈话的三年前，太阁曾下令在长崎将二十六名神父钉上十字架，此后直到去世前，再未对基督教采取行动。
这番叙述出自一位受伤且发着烧的罗德里格斯之口；他说话断断续续，提供的时间脉络也相当简略，因此最好将其理解为他的陈述，而非中立的历史记载。即便如此，这段陈述仍清楚呈现了核心的不稳定性——驱逐令可以颁布后又被搁置，之后也可能突然爆发致命迫害，却没有接续为一场持续的运动。政策的变化无法为身处其中的人提供可靠保障。
改宗者、猜疑与地方权力
危险并不只来自朝廷的决策。在安治罗，弥十郎警告一名神父离开并且不要再回来，暗示若他日后再度来访，可能会被视为基督教农民或家臣正在考虑叛变的证据。这一威胁建立在明显的不平衡之上——外国神父受到保护，他们的日本改宗者却没有。因此，即使基督教团体原则上受到容忍，其地方成员仍可能遭受领主的猜疑与惩罚。
笠木尾美从政治控制所面临的问题出发，部分理解了基督教。他回想从前神父学徒次郎那里学到的内容，指出基督教强调相互关爱与生命神圣；在习惯于荣誉与责任的统治者看来，这些教义反而构成弱点。他推想，可以用威胁一名基督徒领袖手下人的性命来控制这位领袖。尾美明白说出这个想法很危险，而他的母亲默默地警告他；这场谈话也笼罩在此前已经与这种危险相连的酷刑致死事件的阴影之下。因此，基督教在此处不仅是一种外来教义。其教导被解读为可能用来要挟信徒的把柄，而对信徒忠诚的猜疑则使他们可能成为胁迫的目标。
信仰扩张与外国权力的限度
尽管身处险境，罗德里格斯仍称基督教正在迅速发展。他说，自太阁去世后，改宗者人数有所增加，过去秘密信奉基督教的人也开始公开参加教会活动。他估计已有数十万人改宗，称九州大部分地区信奉天主教，并说当地大多数大名都是改宗者。他称长崎是一座天主教城市，并声称耶稣会拥有并管理这座城市，且掌控其贸易。他还提到那里有一座大教堂、十二座教堂，九州各地另有许多教堂；相比之下，本州只有少数几座。他的数字和宽泛的预测都是罗德里格斯本人的说法，但它们展现了他认为正在形成的政治与宗教势力的规模。
这种扩张并未消除日本主权所施加的限制。虎长告诉约翰·布莱克索恩，外国人只有获准才能留在日本，若在公开场合惹事或争吵，就会被处死。当布莱克索恩试图将审问转向贸易和修船事宜时，虎长不准他决定谈话的主题或方式。这条规矩被表述为普遍适用于外国人，而非仅针对基督徒，但它清楚表明，外国宗教与商业活动无权脱离统治者的权威而独立进行。
同样的限制也左右着欧洲列强之间的冲突。布莱克索恩称，他持有荷兰的私掠许可证，这是尼德兰统治者授权他对敌国作战并开拓市场的合法凭证。虎长随即问道，曾受西班牙国王统治的尼德兰，是否正在反抗其合法统治者。这番交锋揭示，同一行动可能被赋予相互矛盾的含义——布莱克索恩将私掠描述为正当服役，而他的敌人则可能称之为海盗行为和宗教异端。虎长把这些相互冲突的外国主张视为需要质询的事项，而非在日本自由行事的许可。
交易、界限与政治利用
虎长明确划分了海外战争与日本境内暴力之间的界线。真理子转述了他的立场——任何大名都不会允许一个外国国家在日本攻击另一个外国国家，或杀害日本人。外国人可以在海上袭扰敌人，但虎长不会批准陆上攻击；他坚称日本是神之国土，并要求布莱克索恩保持耐心。欧洲宗教与商业纷争不断渗入日本政治之际，这条界线仍限制着外国的军事行动。
不过，基督教机构仍可能成为交易的一方。虎长承诺，到了第四十一天，耶稣会可以为帝国最大的基督教寺庙奠基。作为交换，阿尔维托神父承诺尽力劝说奥诺西大人和木山大人支持虎长。阿尔维托询问能否立即拨出土地，虎长回答，等他抵达江户后便会安排。因此，寺庙既是一项重要让步，也是政治工具——其建造许可与特定日期、地点，以及争取基督教大名成为盟友的行动相挂钩。
纵观这些事件，基督教的发展与基督教能否安全处于不同的轨道。信徒人数和耶稣会的影响范围或许会扩大，但两者都无法保证信徒不受地方领主侵害、不遭中央统治者日后反悔，或免于外国行动所受的限制。基督教处境之所以岌岌可危，正是因为其不断扩张的机构与群体，深陷于能够庇护、与之交易或危害他们的权力关系之中。
