约瑟夫·史密斯遇刺事件也导致他的兄弟海仑·史密斯遇害，使后期圣徒未来走向之争演变成一场继承权危机，其间交织着多妻婚姻、司法公正争议与复仇呼声。杀戮发生后，教会在各派已因继任者究竟应当保留还是否定这项实践而分裂之际，失去了核心领袖。

一场已然展开的领导权危机

遇刺发生前，坚定反对多妻制的人士——包括艾玛·史密斯、塞缪尔·H·史密斯和西德尼·里格登——希望继任者撤销这项教义。另一方面，约翰·泰勒、威拉德·理查兹、布里格姆·杨及其他使徒则寻求一位支持这项教义的领袖，以维护多妻妻子的地位以及这项实践的未来。谋杀并未造成这一分歧，却使继承权问题变得迫在眉睫。

由于十二使徒定额组的大部分成员不在当地，危机更加复杂。包括布里格姆·杨在内的十名成员被派往全国各地，推广约瑟·史密斯的总统竞选活动。先知遇害时，杨正在马萨诸塞州；十九天后他才得知死讯。这个消息使他担心，没有约瑟·史密斯，教会将会瓦解；他与其他使徒随即赶回纳府。

争夺约瑟·史密斯的衣钵

使徒们离开期间，反对多妻制的一派试图在他们返回前扶立继任者。约瑟·史密斯三世拥有最有力的血统继承权主张，但当时仍是个孩子，因此他的支持者转而拥护他的叔叔塞缪尔·H·史密斯。塞缪尔似乎即将获得这一职位，却突然去世。记述称，有间接证据显示，纳府警察局长、布里格姆·杨派系的盟友何西阿·斯托特可能毒死了他；这一说法被作为怀疑提出，而非已经证实的结论。

随后，西德尼·里格登最后一次试图取得约瑟·史密斯的领导权。他获得了教会监护人的任命，但仍须在定于八月八日举行的全教会会议上获得确认。布里格姆·杨与返回的使徒们于八月六日抵达纳府，打断了扶立里格登的行动。因此，这场杀戮开启了一场权威之争，而相互竞争的权力主张与多妻婚姻争议密不可分。

审判与无罪判决

1845年5月，九名男子因谋杀约瑟·史密斯和海仑·史密斯而遭到起诉；其中七人在卡西奇受审。被告包括当地知名人士——卡太基灰衣军的军官、一名伊利诺伊州参议员，以及《华沙报》的编辑。汉考克县的反摩门教敌意使定罪不太可能；而谋杀案目击者约翰·泰勒与威拉德·理查兹拒绝出庭，因为他们担心一旦接近卡西奇就会被杀害。

记述称，被告于5月30日被判无罪。后期圣徒原本就预料到这一判决，但仍为此愤怒。起诉未能定罪后，共同体不再仅将这场杀戮视为犯罪，也把它视为世俗法庭未能伸张正义的冤屈。

复仇与随后发生的暴力

无罪判决一个月后，在约瑟·史密斯逝世一周年之际，布里格姆·杨宣称，上帝和他的子民有责任为教会领袖的血复仇。他指示教会权威人士在圣殿恩道门仪式中正式采用复仇誓言。参与者承诺祈求复仇，并将这一义务教给后代，直至第三代和第四代。誓言一直保留在仪式中，直到1927年；当时非摩门教媒体披露此事，引发公众谴责与政治谴责。

报复与驱逐也在圣殿之外展开。遇刺之后，针对圣徒的反摩门教袭击愈演愈烈。1845年夏天，由谋杀案审判的主要被告利瓦伊·威廉姆斯带领的私刑团伙，在全县焚毁摩门教徒的住宅与农场。到9月15日，已有四十四处摩门教徒住所被毁。因此，事后影响远不止于谁将继任约瑟·史密斯这一问题——无罪判决、复仇誓言以及针对纳府共同体的袭击，都加剧了冲突，并最终迫使圣徒离开汉考克县。