美国国务院

美国国务院进入这段叙述的交汇点，涉及外交政策、核战略与个人行动自由。该部门领导人权衡美国是否应建造威力大得多的热核武器，而其护照管制权则影响了受到政治审查的科学家的生活与职业生涯。该部门扮演的角色并不单一——它既是提供军备控制建议的场所、政策辩论中心，也是能够限制出行的机构。

超级炸弹的政策辩论

苏联成功进行了原子弹试验后，热核武器问题成为紧迫的政策难题。J.罗伯特·奥本海默和总顾问委员会反对速建计划，警告说，威力可能达到一亿吨梯恩梯当量的武器能够摧毁数百平方英里的地区，并可能成为种族灭绝武器。他们还指出，建造这种武器会损害美国安全和国际观感；如果苏联研制出这种武器，现有的原子武器库就足以作出有效回应。

时任国务卿的迪安·艾奇逊，是总统哈里·S·杜鲁门要求重新研究这一问题的官员之一。奥本海默向他介绍了委员会的论据，但艾奇逊并不认为克制的理由足以令人信服。他将这一论点理解为试图以身作则，说服一个猜疑重重的对手解除武装。奥本海默与艾奇逊的接触清楚表明，他在政府内部的盟友寥寥无几；这也显示，要把一套兼顾技术与道德考量的论证转化为官员能够接受、切实可行的安全政策，困难重重。

乔治·F·凯南与另一种核政策

时任美国国务院政策规划室主任的乔治·F·凯南，成为奥本海默的重要盟友。凯南对遏制政策日益军事化的方向，以及政府决定在西德建立独立国家感到失望，并于1949年9月宣布打算离开政府部门。尽管如此，由于两人共同关注核政策，他与奥本海默的交往仍在继续。

1949至1950年间，两人建立了亲密友谊。奥本海默邀请凯南到普林斯顿参加一场有关核武器的机密研讨会，两人也讨论了英国和加拿大获取铀的问题。1949年11月访问普林斯顿期间，凯南提议由总统宣布暂停建造超级炸弹。奥本海默认为这一提议合情合理，但提醒说，华盛顿的官员会认为它过于危险。随后，凯南起草了一份可能由总统发表的声明，主张这种武器不可能有纯粹的军事用途，现有武器库已经能够威慑攻击，而美国若决定建造超级炸弹，将会鼓励其他国家也这样做。

这份拟议中的演讲从未发表。凯南转而将其中的论点写成一份八十页的报告，先把草稿交给奥本海默审阅，再于1950年1月20日作为个人文件送交艾奇逊。凯南借鉴奥本海默的分析，警告说，人们正把炸弹当作解决重大政治问题的轻易办法。他敦促艾奇逊，在尚未尝试与苏联进行全面军备控制谈判之前，不要支持一种破坏力几乎不受限制的新武器。报告还主张，原子武器应在国家的基本军事态势中处于次要地位，只需少量武器就足以威慑对手使用核武器。因此，尽管现有证据无法证明该报告左右了政策，国务院仍是让不同意见所代表的核战略传达到高层领导的一个渠道。

国务院裁军顾问小组

1952年，奥本海默辞去总顾问委员会职务后，并未完全退出政府咨询工作。迪安·艾奇逊邀请他加入国务院裁军顾问小组，小组成员推选他担任主席。成员包括范内瓦·布什、约翰·斯隆·迪基、艾伦·杜勒斯和约瑟夫·约翰逊；麦克·邦迪担任记录秘书。这项任命延续了奥本海默参与官方政策讨论的经历；当时他对华盛顿深感沮丧，原本打算专心从事物理学研究。

该小组的成立也体现了国务院持续借助外部专家的做法。奥本海默担任顾问，延续了他在超级炸弹问题上的委员会工作以及与凯南的讨论，使他再次有机会评估裁军问题。与此同时，他能否继续参与也取决于机构安排——他辞去总顾问委员会职务后，戈登·迪恩说服他继续担任合同顾问，这使他的最高机密级Q级安全许可自动延长一年。因此，国务院的咨询机制让他继续接近政策事务，尽管他在其他方面的影响力和政治地位正遭遇日益强烈的反对。

护照与科学家职业生涯的限制

国务院还通过管制国际旅行行使更直接的权力。J.罗伯特·奥本海默公开更正自己关于伯纳德·彼得斯的证词后，彼得斯的职业生涯愈发受到政治环境的限制，他也失去了接触机密研究和政府研究项目的机会。奥本海默的更正帮助彼得斯保住了工作，却无法让他重新获得这些机会。

1949年末，彼得斯表示打算前往印度时，美国国务院拒绝向他签发护照。次年，国务院改变了决定，彼得斯接受了孟买塔塔基础研究院的教职。然而，1955年，该部门拒绝为他重新签发护照。彼得斯最终取得德国国籍；1959年，他与汉娜迁往哥本哈根的尼尔斯·玻尔研究所，并在那里度过了余生。这些事件表明，国务院的行政职能有别于大学和研究机构雇主所作的决定；但它们也显示，旅行限制会给科学家的职业生涯增添一道障碍，并影响其职业发展的方向。