1945年7月25日原子弹作战指令
杜鲁门1945年7月25日原子弹作战指令将对日本使用原子弹的决定转化为作战命令。该指令由托马斯·T·汉迪将军发给美国第二十航空队的卡尔·A·斯帕茨将军，同时规定，更多原子弹一旦准备就绪，便应投向指定目标。这项规定后来起了决定性作用——第二枚原子弹依据现行指令发出，没有召开新的高层会议，也没有由哈里·S·杜鲁门进一步作出决定。
从保密到总统决策
在此之前，原子弹的研制长期处于保密状态，甚至连调查战时采购的参议院委员会成员也不知情。工作人员调查人员发现了与曼哈顿计划有关、无法解释的开支。1943年6月17日，杜鲁门致电战争部长亨利·L·史汀生时，史汀生告诉他，只有少数人知晓一项极为重要的秘密研制项目。杜鲁门接受了史汀生的保证，相信该项目有一项具体而独特的用途。到了7月，他已了解到该项目的基本性质，不过相关保密措施仍然十分严密。
1945年春，史汀生向杜鲁门提交了一份备忘录，警告说，美国可能会在几个月内拥有一种能够摧毁一座城市的武器。当时美国是唯一能够制造这种武器的国家，但史汀生预计这种垄断不会长久，并指出苏联可能在未来成为原子能强国。因此，原子弹不仅带来了如何结束战争的决策，也引出了这种新武器对战后世界意味着什么的问题。
继续战争所造成的人员伤亡，使这项决策格外紧迫。6月18日，杜鲁门考虑是入侵日本，还是改为轰炸并封锁日本；他称这是自己迄今最艰难的决定。当天下午的入侵计划会议上没有提到原子弹。杜鲁门后来回忆说，7月时乔治·C·马歇尔将军估计，入侵东京平原及日本其他地区至少会造成二十五万名美国人伤亡。他表示，自己经过长时间、仔细的思考才得出结论，而且并不喜欢这种武器。
使用方式的选择
这项指令是在曾考虑以攻击城市以外的方式替代作战的讨论之后形成的。委员会及其科学小组否决了旨在警告日本、同时避免大规模伤亡的技术性示范方案——当时可能只有一枚原子弹准备就绪，而且没人确定它能否成功；如果示范失败，反而可能增强日本的抵抗意志，而不是迫使其投降。科学小组认为，他们无法提出一种有望结束战争的示范方案，也找不到可接受的直接军事使用以外的替代办法。此前，马歇尔将军曾考虑先打击一处军事设施，并在有必要发动后续攻击时警告民众撤离制造业中心；但到了这个阶段，他改变了想法。
即使是支持使用这种武器的人，也清楚其道德利害。史汀生担心美国不应在暴行方面超过希特勒，同时也提出了令人不安的顾虑——常规空袭可能会把目标摧毁得所剩无几，以至于无法展现原子弹的威力。据说，杜鲁门听到这番对照时笑了起来，随后表示自己明白。指令中的作战措辞属于这场更广泛争论的一部分——军事顾问希望以震撼性打击促使日本投降、结束杀戮，但设想中的手段可能摧毁整个人口。
7月24日，杜鲁门在凯泽街2号会见了温斯顿·丘吉尔以及美英联合参谋长会议的成员。本书指出，这次会晤之后，除非出现意外事态，使用原子弹一事便已定案。当天晚些时候，杜鲁门在采琪莲霍夫宫告诉约瑟夫·斯大林，美国拥有一种破坏力非同寻常的武器；斯大林回答说，他希望这件武器能被妥善用于对付日本。第二天，汉迪将作战指令发给了斯帕茨。
指令授权的内容
指令还规定了投下第一枚原子弹之后的安排：“项目工作人员一旦准备就绪，便应向上述目标投送更多原子弹……”这句话将武器准备就绪，而非召开新的总统会议，列为投送更多武器的明示条件。它在军事命令中建立了一套作战机制，不过现有材料并未呈现指令全文，也没有列出目标的全部细节。
这一区别在8月产生了重大影响。第一枚原子弹使用后，没有就第二枚召开新的高层会议，杜鲁门也没有另行作出决定。除7月25日的指令外，没有发布其他单独命令。绰号为Fat Man的钚弹准备就绪后，因天气状况而比原定计划提前两天从天宁岛出发。因此，叙述所呈现的这项指令，不仅是首次授权的记录，也是投送第二枚原子弹时所依据的常设命令。
执行与限制
第二次攻击使人们更加关注这项常设命令在实际执行中留下了怎样的权限空间。8月9日，也就是报纸报道苏联军队已进入满洲、原子弹已投向长崎的同一天，杜鲁门写道，他对因一国领导人的决定而不得不消灭整个人口感到遗憾。他说，除非绝对必要，否则自己不会这样做；他希望日本在苏联参战后投降，并称拯救美国人的生命是他的目标，同时承认自己也关心日本妇女和儿童。
当天晚上，杜鲁门敦促日本平民离开工业城市、保全自身。他的表态并不等于修订了7月25日的指令——现有材料称，此后没有发布任何补充命令。这些表态所揭示的，是指令中“准备就绪即可投送”的规定，与杜鲁门后来坚持除非必要、不应摧毁人口之间的张力。这项命令的历史意义，在于总统授权、军事执行，以及投送第二枚原子弹前没有重新作出决定这三者并存。
