在这篇叙述中，日本占据着关键位置，并非作为一个得到全面描绘的地理环境，而是作为原子武器预定攻击的目标，以及检验美国关于军事必要性之主张的背景。轰炸发生前，官员和科学家就如何使用这种武器展开辩论，但一些参与者无法获得有关日本是否愿意投降的关键信息。轰炸之后，来自广岛和长崎的证词将关于目标和影响的抽象计算，转变为对街道被烧毁、家园被夷平和延迟死亡的叙述。因此，日本既是战时政策的对象，也是其遭遇挑战了为该政策辩护之言辞的地方。

日本与临时委员会的审议

1945年5月31日，J.罗伯特·奥本海默参加了亨利·L·史汀生召集的临时委员会会议；该委员会受命就原子政策提供建议。与会者包括高级官员、军事领导人和四位科学顾问。会议议程并不包括决定是否对日本使用原子弹——这一结果被视为基本已经确定，而谁来作出决定仍由白宫掌握。然而，亨利·L·史汀生强调，原子弹代表着一种革命性变革，其影响将超越眼前的战争。

讨论还暴露出美国是否应与苏联分享信息的分歧。乔治·C·马歇尔认为，让苏联了解情况并不意味着要向日本披露信息，他甚至提出邀请俄罗斯科学家观察一次试验。詹姆斯·F·伯恩斯反对这一设想，担心这会促使约瑟夫·斯大林要求参与原子弹计划。委员会记录的立场一方面主张继续推进生产和研究，另一方面希望改善与俄罗斯的关系。对J.罗伯特·奥本海默和其他科学家而言，这一矛盾显而易见——力求保持领先，可能会助推苏联卷入军备竞赛。

委员会讨论预期中的攻击时，考虑了原子爆炸的视觉和物理效应，包括耀眼的强光和危险的中子效应。所宣称的目标原则排除了警告日本，也排除了将攻击集中于明确的平民区域，但要求对大量居民造成强烈的心理震撼。亨利·L·史汀生赞同詹姆斯·B·科南特的提议，即选择一座拥有大量工人、且工人住宅紧邻其周围的军工厂。实际上，这一表述将平民生命置于军事目标旁边，而不是将二者分开。J.罗伯特·奥本海默并未反对既定目标；他提出的只是能否同时发动数次打击，莱斯利·格罗夫斯则否决了这一设想。

对投降与替代方案的不确定

J.罗伯特·奥本海默提出建议时，无法接触到有关日本立场的重要信息。他后来回忆说：“我们对日本的军事局势一无所知。”他和其他科学家一直以为入侵可能不可避免，但不知道能否通过其他办法迫使日本投降。相比之下，被截获的日本通信向高级官员表明，日本政府明白战争已经失败，正在寻求可以接受的条件。科学家权衡是否使用原子弹时，并未掌握这些信息。

争议中的条件包括天皇的地位。约翰·J·麦克洛伊敦促亨利·L·史汀生建议放弃无条件投降的要求，约瑟夫·C·格鲁也向哈里·S·杜鲁门表达了类似看法。据约翰·J·麦克洛伊所获悉的情况，日本官员担心，如果投降后不能保留天皇和某种政府体制，社会秩序与纪律就会崩溃。6月18日，威廉·D·莱希记录了自己的意见，认为可以通过日本可能接受的条件促成投降。约翰·J·麦克洛伊还建议告知日本可以保留天皇，同时警告美国拥有另一种具有骇人破坏力的武器。他认为，这些政治举措可以在入侵或原子弹攻击之前促成投降。到了7月，他判断，警告或许能在恰当时机送达，从而实现结束战争的目标。

提出示范爆炸则引出了另一种难题。罗伯特·威尔逊告诉J.罗伯特·奥本海默，他反对不事先通知日本就使用原子弹，并建议邀请日本观察员观看一次试验。J.罗伯特·奥本海默问，如果装置未能爆炸，该怎么办。罗伯特·威尔逊回答说，观察员可能会全部丧命；这立刻让奥本海默觉得他的回答嗜血残忍。这段对话将困境浓缩为一个鲜明的选择——示范或许能起到警告作用，但示范失败本身就可能致命。叙述还记录了J.罗伯特·奥本海默后来提出的论点——似乎没有任何技术示范可能结束战争，他看不出直接军事使用之外还有什么可以接受的选择，尽管科学小组无法就应当如何限制这种使用达成一致。

广岛与长崎的人道后果

科学观察员从广岛和长崎返回后，日本所遭受的影响便更难继续停留在政策层面。菲利普·莫里森描述了自己在埃诺拉·盖伊号投下原子弹三十一天后抵达广岛的情景。他报告说，大片区域内的人都被热浪严重灼伤；一些伤势相对较轻的幸存者从废墟中爬出，却在几天或几周后死于辐射。他的叙述让一种原本在目标讨论中被简化为爆炸半径、强光和军事效果的后果变得清晰可见——在最初的爆炸中幸存下来，并不意味着能逃过攻击造成的死亡。

罗伯特·瑟伯在长崎的观察，以一种范围更小、却格外鲜明的方式呈现了毁灭景象。电话杆朝向爆炸的一面被烧焦，受损电话杆的延伸范围从爆心算起超过两英里。他还看到一匹马，朝向爆炸的一侧毛发被烧光，另一侧却仍然完好。罗伯特·瑟伯把这匹动物描述成正愉快地吃草时，J.罗伯特·奥本海默斥责他，认为这种说法会让人误以为原子弹是仁慈的。这一幕表明，即使是令人印象深刻的细节，如果脱离它所代表的暴力，也可能造成误导。

菲利普·莫里森在广播中的叙述，将广岛的毁灭与人们熟悉的常规空袭规模作了对比——一架轰炸机和一枚炸弹，就把一座拥有三十万居民的城市变成了燃烧的火葬场。他强调的不仅是废墟本身，还有制造这种毁灭的新手段。在被称为“山上”的实验室群体中，这些报告令此前难以想象所发生之事的人们深感不安。琼·巴赫回忆说，菲利普·莫里森的描述让她无法入睡，整夜都在发抖。来自日本的叙述因此改变了那些参与制造原子弹的人对它的情感认识。

日本与战后责任之争

战争结束后，对原子弹轰炸的道德和政治解读仍在继续。J.罗伯特·奥本海默后来谈到科学家对罪孽的认识，而他的前任导师帕特里克·M·S·布莱克特则认为，日本实际上已经战败，这些攻击还帮助阻止苏联参与战后对日本的占领。布莱克特并未将原子弹轰炸仅仅视为第二次世界大战中的最后一次军事行动，而是把它描述为与俄罗斯展开外交冲突的开端。他还描述了科学家之间的心理冲突——他们认为自己的工作被用于超出击败日本这一目的的行动。

J.罗伯特·奥本海默并未公开否定布莱克特的核心论点。布莱克特获得诺贝尔奖时，他向其表示祝贺；后来他写道，尽管其中有些观点不尽准确，但他赞同布莱克特后来对使用原子弹这一决定所作批评的主要论点。这一立场与伊西多·艾萨克·拉比公开为广岛作为合法目标辩护的观点形成对照。因此，日本始终是战后分歧记忆的核心——原子弹轰炸既可以被辩护为军事行动，也可以被解读为原子外交，并被视为相关科学家必须长期承担责任的根源。

随后关于氢弹的争论以另一种方式借鉴了广岛的例子。J.罗伯特·奥本海默和总顾问委员会警告说，威力可能相当于一亿吨三硝基甲苯的热核武器，可以摧毁数百平方英里的区域，并成为种族灭绝武器。他们的论点是，任何正当的军事目标都无法证明如此规模的破坏是合理的，而且仅仅拥有这种武器，就可能损害美国的安全及其在世界上的地位。这一比较并未抹去先前对日本采取行动的决定，而是使该决定成为后来争论武器政策时论证的一部分。在这篇叙述中，日本是原子政策的后果首次变得具体的地方，而广岛和长崎的经历持续影响着人们对军事必要性能够——以及不能——证明何种行为正当的争论。