芝加哥不只是曼哈顿计划地图上的一个站点。通过这里的实验室、科学家和会议，这座城市将原子武器制造的实际工作，同围绕保密、科学合作以及最终使用这种武器所产生的冲突联系起来。它既是不可或缺的研究中心，也是项目中一些最有力地质疑其军事方向的声音所发源之地。

与洛斯阿拉莫斯形成对照的科学中心

1942年12月2日，恩里科·费米率领团队在芝加哥实现了世界上首次受控核连锁反应。这座城市的资源，与J.罗伯特·奥本海默正在协助建设的偏远洛斯阿拉莫斯基地形成鲜明对照。芝加哥拥有一所著名大学、丰富的图书馆，以及经验丰富的机械师、玻璃吹制工、工程师和其他技术人员。相比之下，洛斯阿拉莫斯起步时几乎没有设备，也缺少开展实验物理研究所需的许多实际资源。这种对照使芝加哥成为衡量新实验室所欠缺条件的标尺，也为不断扩大的项目提供了专业知识和人员。

这种联系是双向的。当伊西多·艾萨克·拉比提醒奥本海默，普林斯顿的物理学家们士气低落时，奥本海默决定把整个二十人团队调往洛斯阿拉莫斯。团队中包括罗伯特·威尔逊和理查德·费曼。费曼起初认为自己无法搬迁，因为他的妻子阿琳患有结核病。1943年冬天，奥本海默从芝加哥给他打电话，提出了解决办法——他为阿琳在阿尔伯克基找到了一家疗养院，这样费曼就可以在洛斯阿拉莫斯工作，并在周末去探望她。这通电话说明，招募人员前往这片与世隔绝的高原，依赖于当地之外的人际关系和机构联系。

研究、安全与离职

1943年4月下旬，奥本海默前往芝加哥大学，与曼哈顿计划芝加哥冶金实验室主任阿瑟·康普顿讨论钚的生产进度。莱斯利·格罗夫斯得知这次会面后，将其视为违反安全规定，并把所谓的违规归咎于爱德华·康登。格罗夫斯在洛斯阿拉莫斯与两人对质时，康登据理力争，但奥本海默没有支持他。一周之内，康登便辞职了，此时他在实验室任职仅六周。

康登离职暴露了安全规定在实际工作和个人层面造成的代价。他认为，对科学交流的限制，包括可能审查邮件和电话，严重损害了研究工作。他相信，如果科学家连与康普顿这样的同事会面都会违反安全规定，那么这个项目的科学处境就毫无希望。康登不知道，陆军的安全机构当时仍在试图阻止奥本海默获得他自己的安全许可。奥本海默明白，若因芝加哥会面一事挑战格罗夫斯，自己的职位可能会受到威胁。因此，芝加哥的一次科学交流，牵连到了塑造洛斯阿拉莫斯权力关系与异议空间的种种压力。

钚弹方案的决策地点

芝加哥成为决定如何制造钚弹的关键决策地点。1944年7月17日，奥本海默在那里召集格罗夫斯、詹姆斯·B·康南特、恩里科·费米等人开会，讨论技术危机。康南特敦促众人研制一种低效率内爆武器，其爆炸威力仅相当于数百吨三硝基甲苯，并在测试这种较小型设计之后再尝试制造威力更大的武器。

奥本海默否决了这种谨慎的步骤，因为那会造成无法接受的延误。尽管他起初对内爆方案持怀疑态度，此时他却主张项目应当投入研制采用内爆设计的钚弹。自塞思·内德迈耶于1943年开始试验这一方案以来，相关进展一直有限，但约翰·冯·诺伊曼后来计算得出，内爆在理论上是可行的。次日，奥本海默向格罗夫斯概述了这一决定——项目应停止为提高钚纯度而进行的密集努力，并将最高优先级转向不要求低中子本底的组装方法。因此，芝加哥不只是一个研究中心；这里也将一项事关重大的技术判断转化成了项目的优先事项。

从原子弹研究到公共后果

芝加哥的科学界也成为有组织反对突袭日本的力量来源。利奥·西拉德在芝加哥大学冶金实验室一再试图阻止使用原子弹。富兰克林·D.罗斯福在西拉德来得及向他说明原子弹示范可能造成的后果之前去世；随后，西拉德写信给奥本海默，称在没有避免军备竞赛的政策时对日本使用这种武器并不明智。奥本海默没有回复。西拉德随后与沃尔特·巴特基和哈罗德·尤里一同前往拜会哈里·S·杜鲁门；杜鲁门让他们去找詹姆斯·F·伯恩斯。他们试图解释挑起苏联原子武器计划的危险，但几乎没有进展。

1945年6月上旬，在西拉德的推动下，芝加哥的科学家组织了一个非正式委员会，讨论原子弹的社会和政治影响。这份十二页的文件以主席詹姆斯·弗兰克的名字命名，称为《弗兰克报告》。报告指出，突袭会使人们难以相信美国声称支持在国际上废除这类武器。签署者提议向联合国代表展示原子弹，地点可以选在沙漠或荒岛。弗兰克将报告带到华盛顿，陆军将其列为机密；杜鲁门始终没有看到。与洛斯阿拉莫斯形成了鲜明对照——那里的科学家正争分夺秒地测试钚内爆弹，许多人相信奥本海默会做出正确决定；而芝加哥的科学家则把如何使用这种武器作为核心关切。在这些事件中，芝加哥始终处于技术能力与政治论辩的交汇点；原子弹的研制一次又一次地引出了一个问题——它的存在究竟意味着什么。