欧洲并非故事中一个遥远的背景——法西斯主义胜利的威胁有助于解释科学家为何接受制造原子弹的工作，而欧洲战事即将结束，则动摇了这一理由。随着战胜德国的前景日益明朗，围绕这种武器的争论转向欧洲、苏联的未来，以及战斗结束后可能形成的政治秩序。

欧洲作为战时理由

20世纪40年代初，许多物理学家认为，法西斯主义可能在欧洲获胜是一场迫在眉睫的灾难。他们的忧虑影响了有关是否应向苏联提供科学信息的讨论——同情帮助陷入战事的俄国人的同事，也可能对通过非正式渠道传递信息感到不安。一些伯克利的科学家没有加入陆军，而是参加了战时工作，因为他们相信自己的专业工作能切实助力击败法西斯主义。因此，欧洲危机赋予了他们的技术工作道德与政治意义，尽管援助盟友的方式仍有争议。

约瑟夫·罗特布拉特的经历使这一目的受到严峻考验。战争爆发时，这位波兰物理学家滞留在英国；后来，他经由詹姆斯·查德威克加入英国的原子弹计划，并于1944年初抵达洛斯阿拉莫斯。3月的一次晚宴上，莱斯利·格罗夫斯将军说，该项目的主要目的是制服俄国人。罗特布拉特并不对苏联抱有幻想——苏联曾入侵他深爱的波兰——但想到要制造一种武器来对付当时正在东线承受巨大损失的人们，他感到遭到了背叛。他原以为该项目旨在阻止纳粹获胜，而非为与苏联冲突做准备。到1944年底，当欧洲战事显然即将结束时，他认为继续研制一种已不再是击败德国所必需的武器毫无意义。在一场告别聚会上向J.罗伯特·奥本海默道别后，罗特布拉特于1944年12月8日离开洛斯阿拉莫斯。

欧洲战事结束与科学家的疑虑

战事预计即将结束，改变了洛斯阿拉莫斯的氛围。到1944年底，科学家开始提出继续研制原子弹是否合乎伦理的问题。罗伯特·威尔逊提议举行正式讨论；奥本海默警告说，这可能招致军方安全官员的麻烦，但在威尔逊坚持举行时，他也出席了会议。会议在设有回旋加速器的楼内举行，与会者辩论——战争实际上已经胜利，为何还要继续制造原子弹？问题不再仅仅是能否造出这种武器，而是在德国不再是预定敌人之后，继续研制它究竟有何目的。

这场辩论不止于一次会议。最初在各自公寓里私下交谈的科学家，逐渐开始尝试在讲堂组织讨论。维克托·魏斯科普夫回忆说，奥本海默曾主张，使用原子弹不是科学家的职责，他们不应涉足政治。1945年3月一次有四十名科学家参加的会议上，奥本海默再次试图劝阻大家出席。但他的立场并非简单地置身事外——在另一场讨论中，他主张战争不应以新武器被当作军事机密而隐匿告终。这种一方面劝阻政治辩论、另一方面又为公开知情辩护的矛盾，反映出要在科学工作与对这项工作将改变的世界所负的责任之间划清界限有多么困难。

关于欧洲战后局势的公开辩论

奥本海默向科学家发表讲话时，借鉴了尼尔斯·玻尔关于开放的构想。新的联合国代表原定于1945年4月开会，他们应在开始商议时就知道人类已经制造出大规模毁灭性武器。依照这一思路，欧洲战事结束并不能简单地恢复旧有政治秩序——原子弹威胁着改变国家主权的意义，而国际合作似乎是防止另一场战争演变为原子战争的必要条件。罗伯特·威尔逊后来回忆说，这番论述说服了他继续从事这项工作。原子弹或许能帮助结束战争，这也是支持继续工作的理由之一，尽管它并未消除科学家对立即使用原子弹的疑虑。

德国战败使这些疑虑更难回避。阿道夫·希特勒于1945年4月30日自杀，德国在八天后投降。埃米利奥·塞格雷听到消息后的第一个反应是，他们已经来得太晚了。洛斯阿拉莫斯的许多人曾将击败希特勒视为该项目唯一的正当理由；这一目的消失后，关于原子弹未来的私下讨论日益增多。因此，欧洲和平日益临近，并未终结道德问题，反而使问题更加尖锐——争论的焦点从击败法西斯主义转向原子弹在战后世界意味着什么。