军队服从文官控制
杜鲁门文官控制军队是指军事指挥官必须服从文官当局制定的政策，而不能自行决定政策。对哈里·S·杜鲁门而言，这一原则既涉及对战时机构的实际监督，也体现了对军事指挥权的宪法限制——将领的专业知识固然重要，但总统仍须对决策及其后果负责。这项原则在朝鲜战争中经受了决定性的考验——道格拉斯·麦克阿瑟公开挑战政府政策，杜鲁门最终将他撤职。
战时监督与文官权威
杜鲁门对这一原则的坚持早于朝鲜战争。作为监督战时采购的参议员，他支持唐纳德·M·尼尔森掌管采购计划，即使委员会与尼尔森意见相左时也是如此。杜鲁门认为，军方对工业和农业的影响力可能会不断扩大，损害文官政府的权威。1942年上半年，军事合同为经济增加了4000亿美元；他警告说，文官控制问题可能影响国家战后的政治和经济结构。他认为，将领的职责是指挥作战并确定作战所需，而不是主导更广泛的国家行动。
坎诺尔输油管道工程体现了他所担忧的危险。布里昂·B·萨默维尔启动了一项计划，拟修建一条长1200英里、管径四英寸的管道，从加拿大延伸至阿拉斯加；制定计划时几乎没有征询各文官机构的意见，也没有充分考虑地形、气候、材料、人力或石油方面的专业知识。陆军部预算中列有2500万美元，用于在加拿大和阿拉斯加修建军事设施，却没有说明该工程。哈罗德·艾克斯将此事提交杜鲁门的委员会后，委员会的审查进一步表明，军事支出和行政管理需要接受文官监督。
这一原则并不意味着杜鲁门拒绝采纳职业军人的意见。1945年4月，杜鲁门就任总统后，与富兰克林·D·罗斯福政府留下的高级官员会面，讨论波兰问题上的争端。会上，他听取了亨利·L·史汀生关于与苏联发生危险决裂的警告。在之后有关原子弹的讨论中，史汀生强调，为总统提供建议的委员会无权作出最终建议。杜鲁门明白，责任在于他本人。文官控制既意味着保留决策权，也意味着承担决策责任。
未经宣战的战争中的总统权威
朝鲜战争爆发时，杜鲁门考虑到自己的行动可能会如何影响未来总统可行使的权力。阿弗雷尔·哈里曼敦促他趁公众支持仍然强劲时寻求国会通过战争决议；迪安·艾奇逊则认为，总统可以在没有战争决议的情况下以三军统帅身份采取行动。杜鲁门赞同艾奇逊的看法，理由是此时诉诸国会，可能会使未来总统更难应对紧急情况。这一选择涉及总统权力，而非与某位指挥官的直接争端；但它体现了杜鲁门理解军事行动所处的宪法框架。
杜鲁门还坚持认为，军事指挥官不能自行宣布外交政策。麦克阿瑟发表了一项声明，杜鲁门认为这违抗了总统命令和联合国政策；总统起初选择克制。在与艾奇逊、罗伯特·A·洛维特和迪安·腊斯克会面时，他承认其中的危险和政治风险，但决定先睡一觉再作考虑。次日，他口述了一份措辞克制的谴责，提醒麦克阿瑟，公开声明必须先经华盛顿批准。麦克阿瑟的声望以及公众对胜利的渴望，使立即摊牌在政治上风险很高；杜鲁门并未把这些压力视为放弃自身权威的理由。
麦克阿瑟冲突
杜鲁门对麦克阿瑟声明的私下反应远比公开回应愤怒。在布莱尔府邸，他反复阅读声明，认为它使通过外交途径回应中国成为不可能，也认为麦克阿瑟行事仿佛可以无视美国政府。然而，杜鲁门没有立即宣布解职决定。尽管他逐渐认定，麦克阿瑟的行为是在公然挑战他作为总统和三军统帅的权威，他仍谨慎行事。
4月5日，约瑟夫·W·马丁二世在众议院议场宣读麦克阿瑟的一封信，冲突由此加剧。马丁曾把自己主张让蒋介石的军队参战的演说寄给麦克阿瑟；麦克阿瑟在3月20日的回信中赞同这一立场，并主张应在亚洲把反共斗争进行到底。由于信中没有限制公开披露的条款，马丁便将信公之于众。信中追求胜利的主张与杜鲁门努力将冲突限制在一定范围内的做法相冲突；信件的公开也加剧了围绕谁有权决定国家政策的争端。
杜鲁门后来将核心问题称为抗命——麦克阿瑟无视了不得发表外交政策声明的指示，并挑战总统的宪法指挥权。这场冲突并非只是性格不合。迪安·腊斯克认为，杜鲁门作出决定的主要依据，是总统与将领之间的关系以及文官控制原则。麦克阿瑟则坚持认为，战区指挥官应能独立于总统、联合国或任何其他方面采取行动。双方立场使争端的利害关系一目了然——军事指挥权是否附带独立的政治权威，还是必须服从文官的指挥。
解职及其原则所产生的后果
杜鲁门解除麦克阿瑟的职务付出了沉重的政治代价。后来许多人认为他本应早几个月采取行动，杜鲁门本人也接受了这一批评。他否认作出这一决定是因为缺乏勇气——按照他的说法，麦克阿瑟抗命，因此遭到解职。政府在朝鲜的政策仍然维持不变。麦克阿瑟作为国家英雄的地位没有取代总统的权威；受到异常强烈挑战的文官控制原则也得以维持。
这一事件还表明，拥有正式权力与成功行使权力并非一回事。杜鲁门负有宪法赋予的统率军队之责，但他面临公众反对、受欢迎的将领，以及扩大战争的压力。他的耐心和克制并未使他免受政治损害，却帮助他坚守了政府对冲突所设的限制。解职之后，他再次面向公众发言，提醒武装部队日听众，政治争论仍在国内持续之际，军人仍在战斗。因此，这项原则的持久意义既体现在制度层面，也体现在个人层面——军事专业知识可以为国家决策提供参考，但无论声望多高，也无论身处何种战场指挥岗位，都不赋予将领凌驾于民选总统之上制定政策的权利。
