美国第二十航空队

在关于原子弹轰炸的叙述中，美国第二十航空队被确认为负责该行动的太平洋战区指挥官所辖的指挥机构。它的作用通过原子弹行动的指挥链呈现出来——一项军事指令规定了后续原子弹的投放，而其带来的人员与政治后果仍属于总统责任范畴。

轰炸指令中的指挥职责

7月25日，一名副手将首枚原子弹的军事指令发送给负责太平洋战区行动的指挥官；叙述指出，这名指挥官是美国第二十航空队的负责人。指令第二段规定，项目工作人员一旦备妥后续原子弹，就应将其投向指定目标。因此，该指令构成了继续使用原子弹的常设行动命令，而不要求每投放一枚原子弹都另行召开高层会议。

第二枚原子弹

有关第二枚原子弹的高层会议并未召开，哈里·S·杜鲁门也没有在它投入使用前作出新的决定。绰号为Fat Man的钚弹准备就绪后，由于天气状况，它提前两天从天宁岛运出。叙述将美国第二十航空队置于这条行动指挥链的指挥层级，同时指出，第二枚原子弹的行动依据是常设指令，而非一项单独的总统命令。

行动指挥权与总统责任

这一指挥安排与叙述对战时决策文官控制的强调并存。杜鲁门的顾问认为，使用原子弹是一个责任极其重大的问题——临时委员会的职责是提供咨询，而提出建议的责任在于总统。杜鲁门后来回忆说，军事领导人曾强调入侵日本预计会造成的美国人员伤亡，同时也表示自己不喜欢这种武器。叙述中的这一区分意义重大——美国第二十航空队与行动指挥有关，但是否继续使用原子弹的判断被描述为一项不能简化为执行军事指令的责任。