哈里·S·杜鲁门决定对日本使用原子弹，将一项极度保密的武器计划与如何尽快结束战争这一迫在眉睫的问题联系起来。随着入侵计划令人担忧美国可能蒙受重大损失，杜鲁门权衡了轰炸与封锁和直接进攻日本本土这两种选择。留存下来的记录将这一决定定位于他在波茨坦的总部，并以一份写给战争部长亨利·L·史汀生的手写命令记载了其具体结果。

秘密计划传到参议院调查员耳中

一段时间以来，工作人员调查员发现有一些无法解释的开支与一项仅以“曼哈顿计划”为名的工程有关；这项工程显然甚至比Canol输油管道工程更为庞大。1943年6月17日，当时身为参议员的杜鲁门致电战争部长史汀生，询问这项秘密研发计划。史汀生告诉他，自己完全了解此事，而且知情者寥寥，他就是其中之一。史汀生向他保证，这项计划有明确而独特的用途，杜鲁门便接受了这一保证，并结束了询问——他不必再听更多。

杜鲁门仍不断获知相关消息。到7月时，他已了解这项研发计划的基本性质。刘易斯·施韦伦巴赫询问杜邦公司在汉福德、哥伦比亚河沿岸大规模征用土地一事时，杜鲁门在信中回复说，施韦伦巴赫不必担心。涉及的土地近五十万英亩。这件事说明，计划的保密性如何影响杜鲁门获取信息——他通过可信渠道了解情况，而工程非同寻常的规模则仍未向公众解释。

不采用入侵计划的抉择

到1945年6月，杜鲁门正在考虑如何结束对日战争。他在日记中写道：“我必须决定对日战略——我们是应该入侵日本本土，还是应该轰炸并封锁？”他又写道：“这是迄今为止我最艰难的决定。”眼前的选择是入侵，或展开轰炸与封锁行动；他的日记中没有提到原子弹计划。

6月18日白宫审议入侵计划的会议也没有提及原子弹，这种沉默令约翰·J·麦克洛伊觉得奇怪。乔治·C·马歇尔提出分两阶段实施入侵，第一阶段于11月从九州开始；九州是日本最南端的岛屿之一，距冲绳约350英里。马歇尔预计，这场行动将和诺曼底登陆一样艰难。他估计，第一阶段最初30天的伤亡人数将与吕宋岛战役相当，约为31,000人。这项军事估算为入侵方案的人员代价提供了具体数字，而可能改变决策的武器却仍未进入讨论。

现有记录显示，入侵风险并非唯一需要考虑的因素。史汀生交给杜鲁门一份多页备忘录，全文由史汀生亲笔撰写；备忘录开篇意在令人震惊：“四个月之内，我们很可能就会完成人类历史上所知最可怕的武器；一枚这样的炸弹就能摧毁一整座城市。”美国和英国共同参与了这种武器的研发，但当时只有美国能够生产。史汀生还警告，这种优势不会长久，俄罗斯可能在未来几年内具备投产能力。

在波茨坦授权

7月24日，史汀生再次爬上楼梯来到杜鲁门的办公室，于早上9时20分带来另一则消息。记录称，这一天几乎可以肯定是决定性的一天。波茨坦会议期间，杜鲁门的总部设在凯泽街2号，这栋房子被描述为作出原子弹决定的地点。这个地点将决策置于战时会议的背景之中，而留存下来的实物——备忘录和命令——则显示，问题如何从秘密汇报转变为总统授权。

杜鲁门写给史汀生的命令是用铅笔手写的，指示对日本使用原子弹。因此，这项决定经由一条个人沟通链传达——一项高度机密的计划、战争部长发出的警告，以及总统写下的指令。现有记录指出了授权及其去向，但没有提供命令全文，也无法确定杜鲁门下令之际权衡过的所有因素。

宣布投降及这一决定在战争中的位置

8月14日晚7时，杜鲁门坐在椭圆形办公室的办公桌前，宣布日本投降。手写授权令与后来向公众发布的消息并置，构成了记录中这一决定的核心后果——这件私下考虑的秘密武器成为战争收尾阶段的一部分，随后总统公开宣布日本投降。单凭现有记录，不能将日本投降归因于某一个原因。

这项决定通过不确定性与记录之间的对照呈现出来。6月，杜鲁门称入侵与轰炸之间的抉择是他最艰难的决定，而预计入侵行动会造成多少伤亡也已有具体估算。随后，史汀生的备忘录既说明了这种武器前所未有的毁灭力，也指出美国很可能无法长期维持垄断地位。波茨坦的铅笔手写命令标志着这项秘密研发成果成为获准对日实施的行动方案。