京都在关于1868年明治维新的政治危机记述中，被确定为日本的帝都。萨摩藩和长州藩的势力占领京都，使帝都成为围绕废除还是恢复德川幕府而展开的斗争中心。

权力斗争中的帝都

将军德川庆喜同意辞职后，明治维新于1868年1月3日宣告成立。来自萨摩藩和长州藩的势力占领了江户和帝都京都。这些势力控制了两座城市，但斗争并未因此尘埃落定——他们担心德川家会重新掌权并重建幕府，而大久保利通则力图铲除德川家的政治根基。他说服天皇废除德川家的藩地并没收其土地。

内战与制度变革

1868年1月27日，德川庆喜向萨摩藩和长州藩的势力发起进攻，冲突随之升级。此后爆发内战，直至夏季德川家最终战败。由此可见，在相关记述中，京都并非一场有具体描述的战役发生地，而是权力转移与新政权建立期间被占领的帝都。

此后，社会进行了广泛改革。1869年，封建制度被废除，三百个藩交还政府，并重组为由任命的知事治理的府县，税收也实现集中管理。各社会阶层之间实行法律平等，国内迁徙和贸易限制被取消；尽管有人反抗这些变革，武士阶层仍被废除。新政府还确立了个人土地权，开放职业准入，并投资基础设施建设。到1890年，日本已颁布成文宪法，建立民选议会和独立司法机构。在这一系列进程中，京都标示着宣告权力复归的帝国中心；随后的改革改变了治理国家的制度。